Ploche ONE: pozmenenej expresie hypoxiou indukovateľných faktora-1α (HIF-1α) a jeho regulačných génov v karcinómu žalúdka Tissues

abstraktné

Tissue hypoxia indukuje úpravu metabolizmu buniek a môže viesť k normálnej bunkovej transformácie a progresie rakoviny. Hypoxiou indukovatelný faktor 1-alfa (HIF-1α), kľúčový transkripčný faktor, zohráva dôležitú úlohu v rozvoji rakoviny žalúdka a progresii. Cieľom tejto štúdie bolo zistiť základné regulačné signálny dráhu vo rakovinou žalúdka s použitím vzorkami žalúdočné rakovina tkaniva. Integrácia profilu génovej expresie a transkripčný databázy regulačného prvku (TRED) bol sledovaný na aké HIF-1α È génovej dráhy NFκB1 → BRCA1 → STAT3 ← STAT1 a ich regulované gény. Dáta ukázali, že tam bolo 82 rozdielne exprimované gény, ktoré by mohli byť upravené týmito piatimi transkripčných faktorov v žalúdku rakovinových tkanív a tieto gény tvorené 95 režimy regulácie, z ktorých sedem gény (MMP1, TIMP1, TLR2, FCGR3A, IRF1, FAS, a TFF3 ) boli molekuly náboje, ktoré sú upravené aspoň dve z týchto piatich transkripčných faktorov súčasne a boli spojené s hypoxiou, zápalu a imunitné poruchy. Real-time PCR a western blot ukázal zvýšenie HIF-1α v mRNA a proteínovej úrovni, rovnako ako TIMP1, TFF3 hladín mRNA v žalúdočných rakovinových tkanivách. Dáta sú prvá štúdia, ktorá preukázala HIF-1α regulované transkripčné faktory a ich zodpovedajúce sieťové génov v rakovine žalúdka. Je potrebné ďalšie štúdie s väčšou veľkosti vzorky a viac funkčných experimentov potvrdiť tieto údaje a potom preložiť do klinickej biomarkerov a stratégie liečby rakoviny žalúdka

Citácia :. Wang J, Ni Z, Duan Z, Wang G ak F (2014) Zmenené Expresia hypoxii vyvolávajúceho faktora-1α (HIF-1α) a jeho regulačných génov v žalúdočnej rakovinové tkanive. PLoS ONE 9 (6): e99835. doi: 10,1371 /journal.pone.0099835

Editor: Pankaj K. Singh, University of Nebraska Medical Center, Spojené štáty |

prijatá: 10.01.2014; Prijaté: 19.května 2014; Uverejnené: 13.června 2014

Copyright: © 2014 Wang et al. Toto je článok o otvorený prístup distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané

Financovanie :. Toto dielo bol podporený v rámci dotácií z Národného Natural Science Foundation Číny (̭20108025 a̬71897), Špecializovaná Výskumný fond doktorandské štúdium vysokého školstva Číny (É10061120093), Čína Postdoctoral Science Foundation (É10491311 aÉ2T50285), založenie Jilin provinčného odboru zdravotníctva (É1Z049), nadácia Ťi-lin v provincii Oddelenie vedy a technológie (É30522013JH aÉ40414048GH) a Norman Bethune Programu Jilin univerzity (É2219). Platcovia mal žiadnu úlohu v dizajne štúdie, zber a analýzu dát, rozhodnutie publikovať, alebo prípravu rukopisu

Konkurenčné záujmy: .. Autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú

Úvod

karcinóm žalúdka je štvrtým najbežnejším typom rakoviny a druhou najčastejšou príčinou úmrtí na nádorové ochorenie na svete, ktorá postihuje približne 800.000 ľudí a 65.000 úmrtí súvisiacich s rakovinou ročne [1]. Predchádzajúce štúdie ukázali, že aberantne bunkový metabolizmus je kľúčovým prvkom pri tvorbe nádorov a rakoviny progresie ochorenia [2], [3]. Špeciálne, preprogramovanie energetického metabolizmu bola zahrnutá ako rozvíjajúce sa znakom rakoviny [4] a abnormálnym metabolizmom energia je detekovateľný v rôznych ľudskej rakoviny, teda sa rakovinové bunky preprogramovať ich metabolizmus zvýšením glykolýzy miesto mitochondriálnej oxidatívny fosforylácie pre generovanie buniek energie [5]. Tkanivo hypoxia je zásadný hnacou silou vedúcou k bunkový metabolizmus reprograming [6]. Pod hypoxia prostredie, bunka glykolýza je indukovaná a vedie k zvýšeniu bunkovej proliferácie a zase tvoriť bludný kruh hypoxia zbraní zvyšujúce hypoxia, ktoré podporujú bunkovú transformáciu a progresiu karcinómu [7]. Na úrovni génov, hypoxiou indukovatelný faktor-1 (HIF-1) je primárny kyslík citlivé transkripčný aktivátor a pomáha bunky prispôsobiť nízke napätie kyslíka (hypoxia) [8]. HIF-1 sa skladá zo konštitutívne exprimovaného p-podjednotky a hypoxiou indukovateľných a-podjednotku. Druhá (HIF-1α) je stabilizovaná len za hypoxických podmienok a reguluje HIF-1 transkripčný aktivitu [9]. K dnešnému dňu, HIF-1α je zistené, že aktivujú viac cieľových génov, ktoré zahŕňajú v kľúčových aspektov biológie rakoviny, vrátane erytropoézy, angiogenézy, metabolizmus glukózy, bunkovej proliferácie /prežitie a apoptózy [10]. HIF-1α môžu interagovať s rôznymi inými rakoviny súvisiace transkripčné faktory (TFS), a tvoria komplexné regulačné siete TF-transkripciu génov počas vývoja a postupu rakoviny. Tak, poňatie nie je prekvapivo zvýšená, že rakovinové bunky majú rozdielny a patologické vzory transkripcie v porovnaní s normálnymi bunkami [11]. Predchádzajúce štúdie ukázali, up-regulácia HIF-1α expresie v žalúdku rakovinových tkanív a buniek [12], [13], zatiaľ čo presne podkladové regulačné mechanizmy aj naďalej byť definovaný. Teda v tejto štúdii sme využili Affymatrix exon Arrays určiť rozdiel profilu génovej expresie v tkanivách karcinómu žalúdka, a vykonaná PCR v reálnom čase a western blot pre overenie dát. Ďalej konštruovaná aberantne TF-gen transkripcie regulačné sieť spojenú s HIF-1α expresie integráciou transkripčný regulačný element databázy (TRED) [14] a profilu génovej expresie pomocou Cytoscape softvér. Táto štúdia by mohla identifikovať systematický výklad súvisiacich transkripčných regulačných módov súvisiace s hypoxiou a poskytovať zasvätené informácie pre budúce biomarkerov a nové stratégie liečby rakoviny žalúdka.

Výsledky a diskusia

profilovanie rozdielne vyjadrené génov u karcinómu žalúdka v porovnaní s normálnymi tkanivami

na identifikáciu odlišne exprimovaných génov v rakovine žalúdka, sme využili Affymatrix exon polia, ktoré obsahujú 17,800 ľudských génov na profil päť párov rakovinou žalúdka a normálnych tkanivách (informácie o pacientoch boli ukázal v tabuľke S1). Sme našli celkom 2546 odlišne exprimovaných génov, z ktorých 2422 boli up-regulované a 124 boli down-regulované (tabuľka S2). Konkrétne, HIF-1α bola významne vysoko exprimovaný v žalúdočných rakovinových tkanivách v porovnaní so susednými normálne tkanive (P 0,01). Ďalej overená dáta microarray prevedením kvantitatívnej real-time RT-PCR a western blot v ďalších 10 párov karcinómu žalúdka vs. normálny tkanive (informácie o pacientoch boli znázornený v tabuľke S1). Expresie HIF-1α mRNA ukázala 2,55 ± 0,56 násobne up-regulácia v nádorovom tkanive oproti normálnymi (p < 0,01); Western blot analýza ukázala jasné oddelenie medzi relatívnej hustoty proteínu HIF-1α v rakovinové tkanive (0,41 ± 0,24) oproti normálnymi (0,17 ± 0,15) s p < 0,01, výsledky je možné vidieť na obrázku 1 a obrázok S1. V skutočnosti, predchádzajúce štúdie ukázali, že HIF-1α bola všade a vyjadrená v ľudských a myšacích tkanív pod hypoxia [15] a v žalúdočných rakovinových tkanív [12], [13], zvýšená expresia, ktorá bola spojená so zlou prognózou u pacientov s karcinómom žalúdka [12 ], [13]. Preto sme ďalej analyzovaný HIF-1α nadmerná expresia spojené s TFS a ich prípadných cielenie génov v žalúdočnej rakovinové tkanive.

Identifikácia HIF-1α nadmerná expresia spojené s TFS a ich potenciálny cielenie génov u karcinómu žalúdka tkanivách

Ak chcete zistiť HIF-1α nadmerná expresia spojené s TFS a ich prípadných cielia gény, transkripčný databázy regulačného prvku (TRED) poskytuje jedinečný nástroj na analýzu oba cis štáty - a trans štáty - regulačné elementy u cicavcov, ktorý pomáha lepšie pochopiť komplexné predpisy génov a regulačných sietí, a to najmä na úrovni transkripcie predpisov. Tak, pomocou integrácie profil génovej expresie a regulačné informácie z TRED sme analyzovali HIF-1α a ďalšie štyri HIF-1α súvisiace transkripčné faktory (tj NFκB1, BRCA1, STAT3 a STAT1), ktoré boli všetky up-regulované u karcinómu žalúdka tkaniva a zistil, že oni tvorili týchto regulačných sietí TF-gen s 82 génov, z ktorých 79 bolo up-regulované a 3 boli down-regulované (Tabuľka S3). Obrázok 2 ukázala analýza bi-zhluky týchto 82 rozdielne exprimovaných génov v žalúdku rakovinových tkanív oproti normálnym tkanivám.

Za to, že databáza pre Anotácia, vizualizácie a integrované Discovery (David) [16] bola použitá pre funkčné Anotácia z týchto 82 odlišne exprimovaných génov. uvedená sme top štyri triedy ochorením, ktoré súvisia s týmito 82 aberantne génov (tabuľka 1) a zistil, že najvýznamnejšie trieda je rakovina s 29 génov s následnou infekciou (18 gény), kardiovaskulárne (25 génov) a imunitný ochorenia (26 génov) .

Identifikácia žalúdka súvisiace s rakovinou transkripčný faktor-génu (TF-gen) sieť

na transkripčný regulačný databázu prvku a profilu génovej expresie Based sme konštruovaná transkripčný regulačný siete vzťahujúce sa k HIF- 1α ↔ NFκB1 → BRCA1 → STAT3 ← STAT1 týchto 82 génov u karcinómu žalúdka tkanivách. Naše dáta ukazujú, že tieto gény môžu tvoriť 82 95 rôzne režimy regulácie (graf 3a) a podrobný TF-gen režimy regulácie informácie sú uvedené v tabuľke S4.

Aby bolo možné lepšie porozumieť regulačné sieť, sme vybudovali stručný rámci siete (obrázok 3B). Transkripčné faktory HIF-1α ↔ NFκB1 → BRCA1 → STAT3 ← STAT1 boli schopné tvoriť rámec regulačné siete, ktoré priamo regulovaný 21, 45, 2, 12, a 10 génov, v danom poradí. NFκB1 bol priamo regulovaná HIF-1α a je pravda, že väčšina regulačné siete boli priamo regulovaná HIF-1α (21/82) a NFκB1 (45/82), kľúčové regulátory spojených s hypoxiou a zápalu u rakoviny [ ,,,0],17]. Karcinómu žalúdka sa vyznačuje hypoxiou a chronického zápalu (ako je napríklad Helicobacter pylori
). V našej štúdii, HIF-1α bola významne up-regulovaný u rakoviny žalúdka v porovnaní so susednými normálne tkanive (P 0,01). Okrem toho, naša súčasná dáta ukázali, že expresia viac ako 20 génov, ktoré sú priamo regulované HIF-1α bola zmenená v žalúdočných rakovinových tkanív, vrátane NFκB1, kľúčového molekuly regulátora v zápalu a rakoviny [18] a aktivácia NFkB by mohli byť užitočné chemoprevention rôznych ľudských nádorov [19].

následný regulačného dráhy sieti je regulovaný predovšetkým STAT3 (12/82) a STAT1 (10/82), členovia prevodníka signálu a aktivátor transkripcie rodiny ( STAT). STAT signalizácia s Jakom je kánonický cesta k regulácii génov, ktoré sa zúčastňujú v mnohých fyziologických procesoch prenosom signálov z bunkovej membrány do jadra [20]. Aby bolo možné regulovať parakrinný signalizácie cytokínov a zmeny v metastatických miest, STAT3 vykazuje ako nádor vnútorných a vonkajších účinkov [21]. Cielenie Ako-STAT3 signálne dráha je považovaná za potenciálnu terapeutickú stratégiu, a to najmä v súvislosti s zápalu a nádorové imunity [21]. Kontinuálne deregulácia génov trvalo aktivovaného NFkB a STAT3 v mikroprostredie nádoru sú dve kľúčové aspekty pre zápalu a malígne progresiu [17]. Predchádzajúce štúdie ukázali, kooperatívny efekt STAT3 a HIF-1α na aktiváciu génov pod hypoxie životného prostredia v karcinóm obličky buniek [22]. Konkrétny mechanizmus aktivácie Ako-Stat, najmä STAT3 u karcinómu žalúdka Zostáva určiť, aj keď naše aktuálne údaje ukázali výrazne vyšší JAK1, STAT3 a STAT1 prejavu v žalúdočných rakovinových tkanív.

analýza Funkcia náboja -genes

A vzhľadom k tomu, transkripčný faktor môže regulovať desiatky, ak nie stovky, z cieľových génov, zatiaľ čo jeden gén by mohli byť upravené niekoľkými rôznymi TFS v regulačnej siete génu. Tak, predpokladali sme, že náboj gény sú regulované niekoľkých transkripčných faktorov súčasne v karcinómu žalúdka, ktoré môžu mať synergické účinky na ľudské rakoviny. V súčasnej štúdii sme identifikovali sedem génov (vrátane MMP1, TIMP1, TLR2, FCGR3A, IRF1, FAS a TFF3), ktoré môžu byť priamo regulované najmenej dvoch kľúčových transkripčných faktorov, väčšina z nich sú náboje uzly, ktoré spájajú s NFκB1 a STAT dráhy (obrázok 4). Vzhľadom k tomu, transkripčné faktory regulujú cieľových génov prostredníctvom spôsobom transkripcie-závisel modulovať ich expresiu mRNA, tu vykonáva QRT-PCR skúmať expresiu TIMP1 a TFF3 mRNA, dve cieľové gény HIF-alfa Relatívna expresie TIMP1 a TFF3 mRNA 1,58 ± 0,25 a 2,16 ± 0,59 krát up-regulované v desiatich nádoru versus normálne tkanivá, v tomto poradí (obrázok 1).

Okrem toho je rodina matrixových metaloproteinázy (MMP) je hlavný extracelulárnej matrix prestavbu enzýmy, aktivita, ktorá je výsledkom interakcie medzi nádorovými bunkami a mikroprostredie nádoru a je prísne riadená transkripčný aktivácia, zahŕňajúca komplexné proteolytickou aktiváciu kaskády, ako aj endogénne systém tkanivovej inhibítory metaloproteinázy (TIMP) [23]. MMP1 bola hlásená byť zapojený do žalúdka nádorových buniek inváziu [24]. Okrem toho, TLR2 je členom skupiny Toll-like receptory a hrá zásadnú úlohu pri rozpoznaní patogénu a aktiváciu vrodenej imunity aktiváciou NFkB. TLR2 môže fungovať ako iniciátor pre dávať infikovaného alebo zranených bunkám druhú šancu rozvinúť do nádorových buniek a proliferáciu nekontrolovaným bunkové [25]. Medzitým, Fc fragment IgG, nízkou afinitou IIIa receptora (FCGR3A, tiež známy ako CD16a) patrí do rodiny gama receptora Fc (FCGR). FCGR3A
polymorfizmus bol spojený s citlivosťou k určitým autoimunitných ochorení a FCGR3A hrá dôležitú úlohu pri odstraňovaní imúnne komplexy z tela, a tiež sa podieľa na cytotoxickej odpovede proti nádorovým bunkám a infekčných činiteľov [26]. Regulačný faktor interferón (IRF) -1 je tiež imúnna aktívna molekula a zápalová regulátor procesu, bolo zistené, že aktivácia IRF-1 a NF-kB, ktoré majú byť súčasne aktivované v melanómu [27]. Okrem toho, polymorfizmy trojlístkové faktor 3 ( TFF3
) promótor boli spojené s rakovinou žalúdka citlivosťou [28] a TFF3 bolo upravené ako HIF-1 a NFkB [29]. Nadmerná expresia TFF3 bol nezávislý ukazovateľ celkového prežitia pacientov s rakovinou žalúdka [30]. Opäť platí, že FAS (tiež známy ako TNFSF6 /CD95 /APO-1) patrí do superrodiny receptorov faktora nekrotizujúceho nádory (člen 6) a hrá kľúčovú úlohu v regulácii apoptózy vonkajšieho dráhy [31]. Znížená expresia FAS bolo spojené so zvýšeným rizikom rakoviny u downregulace FAS-sprostredkovanú apoptosu [32]. Avšak, naše aktuálne údaje ukázali, rozporuplné vysokú hladinu expresie FAS v žalúdočnej rakovinové tkanive reklamný ďalšiemu štúdiu je potrebné na jej potvrdenie. Celkovo možno povedať, zmenené expresie týchto génov v žalúdočnej rakovinové tkanive potrebuje ďalšie overenie ako biomarkerov pre žalúdočné diagnózu a prognózu rakoviny. Tieto gény sú rozhodujúce pri zápale a imunitnej príbuzné choroby, ktoré môžu ďalej ukázali, že je dôležité, Helicobacter pylori
infekcie v rozvoji rakoviny žalúdka a progresii.

materiáloch a metódach

Tissue vzorky

celkovo 15 pacientov s karcinómom žalúdka boli prijatí na rakovinu a vzdialený zber normálne tkaniva z prvého nemocnice Jilin univerzity v Čchang-čchun, Čína. Táto štúdia bola schválená etickou komisiou Vysokej školy základných lekárskych vied, Jilin University, každý pacient súhlasil v písomný informovaný súhlas formu. Dáta bola analyzovaná anonymne. Všetky tkanivá boli odobraté z operačnej sály a snap-zmrazený a skladované v kvapalnom dusíku počas 10 minút po resekcii. TNM a histologické klasifikácie boli vykonané podľa Svetovej zdravotníckej organizácie (WHO) kritérií.

Izolácia RNA a microarray hybridizácie a skenovanie

Tissue RNA bola izolovaná s použitím TRIzolu (Invitrogen, CA, USA) a ďalej čistí pomocou RNeasy Mini kit (Qiagen, Düsseldorf, Nemecko) podľa inštrukcií výrobcu. Koncentrácia RNA bola potom určená pomocou UV2800 UV spektrofotometra (Unic, NY, USA) s pomerom A260 /A280 medzi 1.8 ~ 2.0 a koncentrácia RNA sa pohybovala v rozmedzí od 100 ng /ml do 1 ug /ul.

GeneChip Human exon 1.0 ST (Affymetrix, CA, USA) bol použitý pre profil rozdielne exprimovaných génov v žalúdočných rakovinových tkanivách a metóda normálnymi podľa protokolu poskytnutého Affymetrix (P /N 900223). Stručne povedané, bolo použité 1 ug RNA šablónu spätne transkribovaných do cDNA a cDNA vzorky boli štiepené do cDNA fragmentov s endonukleázy a potom označené činidlom značenie DNA poskytovanej Affymetrix. Po tom, značené vzorky cDNA boli použité ako sondy pre hybridizáciu na pole čipy inkubáciou pri 45 ° C a otáča sa pri 60 otáčkach za minútu po dobu 17 hodín. Po premyté a farbené žetóny po hybridizácii, čipy boli naskenované pomocou GeneChip Scanner3000 s GeneChip obslužným softvérom (GCOS). Všetky nástroje, čipy, a činidlá boli všetky zakúpené od Affymetrix.

Analýza odlišne exprimovaných génov v rakovine v porovnaní s normálnymi tkanivami

GeneChip Operačný systém bol aplikovaný na analýze čipy a extrahovať originálne CCD snímky signál údaje. Geo DataSets z NCBI prístupové číslo našej štúdie je: GSE56807. nespracovaných signálnych dát potom boli dovezené a analyzované s Limmat algoritmom pre identifikáciu rozdielne exprimovaných génov. Lineárne modely a empirické metódy Bayesova bolo analyzovať dáta. Toto predišlo gén s veľmi malým násobné zmeny zo je posudzovaná ako rozdielne exprimované len preto, že z náhodne malej zvyškovej SD. Výsledné hodnoty P boli upravené pomocou algoritmu BH FDR. Gény boli považované za značne rozdielne exprimované v prípade, obe hodnoty FDR bol menší ako 0,05 (ovládanie očakávaný FDR, aby nie viac ako 5%) a expresie génov ukázalo aspoň 2-násobné zmeny medzi rakovinou a ich zodpovedajúce normálne tkanivá s Log2FC > 1 alebo log2FC < -1, Hodnota P < 0.05.

Kvantitatívny real-time RT-PCR

QRT-PCR analýzy, menej ako 5 ug celkovej RNA bola reverzne transkribovaných na cDNA s 1 ^{st vlákno cDNA Synthsis Kit (Takara , Dalian, Čína); Expresia mRNA pre ľudský HIF-1 a, TIMP1 a TFF3 boli skúmané QRT-PCR sa SYBR Premix Ex Taq (Takara, Dalian, Čína) a Applied Biosystems 7300 Fast Real-Time PCR System. Relatívna expresia mRNA boli normalizované na beta-aktínu expresiu porovnávacie metódou (CT 2 -ΔΔCt, ΔCt = Ct _{target-Ct β-aktínu, ΔΔCt = ΔCt tumor-ΔCt normálne). Všetky primery boli navrhnuté tak, aby Primer Premier 6 Software, sekvencie primérov pre amplifikáciu boli uvedené v tabuľke 2. Údaje z QRT-PCR boli analyzované pomocou GraphPad Prism verzia 5.0, rozdiely medzi skupinami boli štatisticky vyhodnotené pomocou vzorky jednostranné Študentov t-test s p hodnota menšia ako 0,05 považovaná za významnú}}

Western blot analýza

1 mm ^{3 tkanivových vzoriek boli leštené kvapalným dusíkom a potom homogenizované v lyzačním pufri buniek (Beyotime, Čína) v. 4 ° C počas 30 minút, odstráni zvyšky buniek centrifugáciou pri 10000 otáčkach za minútu počas 20 minút v 4 ° C. Koncentrácia proteínu bola analyzovaná proteínu Bradfordovým testom (Bio-Rad, USA). Celý proteín sa oddelí 10% SDS-PAGE a potom prenesené na PVDF membránu (0,45 um) počas 2 hodín. Po 2 hodinách blokovania 5% mlieku v TBST inkubovali membrány s myšou anti-HIF-1α (Santa Cruz, CA, USA) pri 1: 200 riedenie a myšou anti-beta-aktínu (Proteintech, USA) pri 1: 2000 riedenie v 4 ° C počas 12 hodín a následne sa 2 hodiny inkubovaného s kozie anti-myší IgG (Proteintech, USA) pri 1: 2000 riedenie. Po umytí podľa TBST zistená membránových signály pomocou rozšírenej chemiluminiscencie ECL (Beyotime, Čína). J softvér Image bola použitá pre kvantitatívnu analýzu HIF-1α intenzity signálu sa normalizuje s úrovňou beta-aktínu. Dáta boli analyzované pomocou GraphPad Prism verzia 5.0, rozdiely medzi skupinami boli štatisticky vyhodnotené pomocou vzorky jednostranné Študentov t-test s hodnotou p menšie ako 0,05 považovaná za významnú}

Stavba siete transkripčného faktoru génu na základe génovej expresie. profil a (TF) génu transkripčný regulačný element databázy

transkripčný faktor sieť bola postavená na základe profilu génovej expresie a transkripčný databázy regulačné prvok (TRED) za použitia softvéru Cytoscape podľa regulačného interakciu a diferenciálnej expresie hodnôt každého TF a gen. Matica susednosti TFS a gény bol vyrobený pomocou atribútu vzťahy medzi všetkými génmi TFS. Elipsy v TF-génu sieti zastúpené gény s červenými (up-regulovaný) a zelená (down-regulované), trojuholníky predstavuje transkripčné faktory. Vzťah medzi TF a ich cieľov boli zastúpené šípkami, smer šípky bolo od zdroja k cieľu.

Analýza choroby spojené génov a génovej dráhy anotácie

Database pre Anotácia, vizualizácia a integrované Discovery (David) Anotácia funkčné softvér bola použitá na analýzu funkčnej obohatenie aberantne génov. Voľba "GENETIC_ASSOCIATION_DB_DISEASE_CLASS" za predpokladu, že informácie o ochorení združenia obohatenie génových klastrov. Vybrali sme "GENETIC_ASSOCIATION_DB_DISEASE_CLASS" pre identifikáciu obohatenie triedy choroba a "KEGG_PATHWAY" pre dráhy obohacovanie metódou Benjamin určuje významné obohatenie score≥1.3.

podporné informácie
Obrázok S1.
Western blot analýza HIF-1α v 10 párov žalúdku nádorových a normálnych tkanivách
doi :. 10,1371 /journal.pone.0099835.s001
(DOC)
tabuľke S1.
osoby Údaje
doi: 10,1371. /journal.pone.0099835.s002
(DOC)
Tabuľka S2.
Prehľad 2546 odlišne exprimovaných génov v žalúdku rakovinové tkanive v porovnaní s normálnou tkanív vzdialených. hladiny génovej expresie u karcinómu žalúdka tkanivách vs. vzdialených normálnych tkanivách bolo najmenej 2-krát odlišný s p-hodnota menšia ako 0,05
doi :. 10,1371 /journal.pone.0099835.s003
(XLSX)
Tabuľka S3.
Zhrnutie these82 odlišne exprimovaných génov v TF-regulačné siete v žalúdočných rakovinových tkanív
doi :. 10,1371 /journal.pone.0099835.s004
(XLSX)
Tabuľka S4.
95 regulačné režimy tvorenej 82 rozdielových génov regulačné siete TF-génu. Všetky informácie Nariadenie bolo odvodené od transkripčný databázy regulačný prvok (TRED)
doi :. 10,1371 /journal.pone.0099835.s005
(XLSX)

Poďakovanie

Tiež ďakujeme Medjaden Bioscience Limited (Hong Kong, Čína) pre editáciu a korektúry rukopisu.

• Ploche ONE: Simulácia Swansons Literatúra-Based Discovery: Anandamid Liečba inhibuje rast na žalúdočnú rakovinu buniek in vitro a in silico
• Ploche ONE: interleukín 17A podporuje rakovina žalúdka invazivitě prostredníctvom NF-kB sprostredkovanej Matrix metaloproteinázy 2 a 9 Expression