Nytt system gjør det mulig for forskere å studere bakterier i mini-vev i en tallerken

Utvikle bakterier for å intelligent fornemme og reagere på sykdomstilstander, fra infeksjoner til kreft, har blitt et lovende fokus for syntetisk biologi. Raske fremskritt innen gentekniske verktøy har gjort det mulig for forskere å "programmere" celler til å utføre forskjellige sofistikerte oppgaver. For eksempel, et nettverk av gener kan kobles sammen for å danne en genetisk krets der celler kan konstrueres for å føle miljøet og modulere deres oppførsel eller produsere molekyler som respons.

Nyere forskning har funnet ut at mange bakterier selektivt koloniserer svulster in vivo, får forskere til å konstruere dem som programmerbare kjøretøyer, biologiske "roboter" med andre ord, å levere kreftbehandling. Forskere utvikler også nye, "smarte" medisiner ved å programmere bakterier for å håndtere andre sykdommer, som gastrointestinal sykdom og infeksjoner. Nøkkelen til å fremme slike "levende medisiner" er å kunne identifisere de beste terapeutiske kandidatene.

Derimot, mens nåværende syntetiske biologi -verktøy kan lage et enormt antall programmerte celler, forskernes avhengighet av dyrebaserte tester har i stor grad begrenset antall behandlinger som kan testes og hvor raskt. Faktisk, evnen til raskt å utvikle nye terapier for mennesker, overgår langt mer gjennomstrømningen av dyrebaserte tester, skape en stor flaskehals for klinisk oversettelse.

Forskere ved Columbia Engineering rapporterer i dag i PNAS at de har utviklet et system som gjør dem i stand til å studere titalls til hundrevis av programmerte bakterier i mini-vev i en tallerken, kondensere studietiden fra måneder til dager. Som et bevis på konseptet, de fokuserte på å teste programmerte antitumorbakterier ved hjelp av minitumorer kalt tumorsfærer. Hastigheten og høy gjennomstrømning av teknologien deres, som de kaller BSCC for "co-culture of bacteric spheroids, "gir mulighet for stabil vekst av bakterier i svulster i svulster, noe som muliggjør langsiktig studie. Metoden kan også brukes for andre bakteriearter og celletyper. Teamet, ledet av Tal Danino, assisterende professor i biomedisinsk ingeniørfag, sier det, etter deres kunnskap, denne studien er den første som raskt screener og karakteriserer bakterieterapier in vitro og vil være et nyttig verktøy for mange forskere innen feltet.

"Vi er veldig begeistret for hvor effektiv BSCC er og tror det virkelig vil akselerere utviklet bakteriell terapi for klinisk bruk, "Sier Danino." Ved å kombinere automatisering og robotteknologi, BSCC kan teste et stort bibliotek med terapier for å finne effektive behandlinger. Og fordi BSCC er så bredt anvendelig, vi kan modifisere systemet for å teste menneskelige prøver så vel som andre sykdommer. For eksempel, det vil hjelpe oss å tilpasse medisinske behandlinger ved å lage en pasients kreft i en tallerken, og identifiser raskt den beste behandlingen for den spesifikke personen. "

Forskerne visste at mens mange bakterier kan vokse inne i en svulst på grunn av det reduserte immunsystemet der, bakterier blir drept utenfor svulsten der kroppens immunsystem er aktivt. Inspirert av denne mekanismen, de søkte etter et antibakterielt middel som kan etterligne bakteriens "drepende" effekt utenfor sfæroidene.

De utviklet en protokoll for bruk av antibiotika gentamicin for å dyrke bakterier inne i sfæroider som ligner svulster i kroppen. Ved å bruke BSCC, de testet deretter raskt et bredt spekter av programmerte bakteriekurer mot kreft laget av forskjellige typer bakterier, genetiske kretser, og terapeutisk nyttelast.

"Vi brukte 3D multicellulære sfæroider fordi de rekapitulerer forhold som finnes i menneskekroppen, som oksygen og næringsgradienter-disse kan ikke lages i en tradisjonell 2D-monolags cellekultur, "sier avisens hovedforfatter Tetsuhiro Harimoto, som er doktorgradsstudent i Daninos laboratorium. "I tillegg, 3D -sfæroiden gir bakterier nok plass til å leve i kjernen, på omtrent samme måte som bakterier koloniserer svulster i kroppen, også noe vi ikke kan gjøre i 2D -enlagskulturen. Plus, det er enkelt å lage et stort antall 3D-sfæroider og tilpasse dem for screening med høy gjennomstrømning. "

Teamet brukte BSCCs system med høy gjennomstrømning for raskt å karakterisere puljer av programmerte bakterier og deretter for å begrense den beste kandidaten for terapeutisk bruk. De oppdaget en kraftig terapi for tykktarmskreft, bruker et nytt bakterieltoksin, theta toksin, kombinert med en optimal medisinsk levering genetisk krets i svekkede bakterier Salmonella Typhimurium. De fant også nye kombinasjoner av bakteriebehandlinger som kan forbedre effekten mot kreft enda mer.

Forskerne sammenlignet sine BSCC -resultater med resultatene som finnes i dyremodeller, og fant lignende oppførsel av bakterier i disse modellene. De oppdaget også at deres toppkandidat, theta toksin, er sterkere enn terapier skapt tidligere, demonstrerer kraften i BSCCs screening med høy gjennomstrømning.

Mens Daninos gruppe fokuserte på kreftbehandling i denne studien, de håper å utvide BSCC til å karakterisere bakteriebasert terapi for ulike sykdommer, inkludert gastrointestinal sykdom og infeksjoner. Deres endelige mål er å bruke disse nye bakterielle terapiene på klinikker rundt om i verden.

• Ny studie gir bedre forståelse av sikkerheten til ormekursprogrammer
• Ny studie finner at tidligere beskrevne forskjeller blant endoskopister ikke er sanne