PLoS ONE: Nanostring-Based multigen analysen å forutsi Tilbakefall for magekreft pasienter etter Surgery

Abstract

Til tross for fordelene fra adjuvant kjemoterapi eller kjemoradioterapi, omtrent en tredjedel av stadium II magekreft (GC) pasienter utviklet tilbakefall. Hensikten med denne studien var å utvikle og validere en prognostisk algoritme for magekreft (GCP) som robust kan identifisere høyrisikogruppen for tilbakefall blant stadium II pasienter. Et flertrinns genekspresjon profilering studie ble utført. Først ble en microarray genuttrykk profilering av arkiverte parafininnstøpte tumorvev brukes til å identifisere kandidat prognostiske gener (N = 432). For det andre ble en fokusert genekspresjon analysen inkludert prognostiske gener brukes til å utvikle en robust klinisk assay (GCP) i stadium II pasienter fra samme kohort (N = 186). Tredje, ble en forhåndsdefinert cut off for GCP validert ved hjelp av en uavhengig stadium II kohort (N = 216). Den GCP ble validert i et annet sett med stadium II GC som gjennomgikk kirurgi uten adjuvant behandling (N = 300). GCP ble utviklet ved å summere produktet av Cox regresjonskoeffisienter og normaliserte uttrykk nivåer av 8 gener (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4, TFDP1). En prospektivt definerte cut-point for GCP klassifisert 22,7% av validering kohort behandlet med kjemoradioterapi (N = 216) som høyrisikogruppe med 5-års tilbakefall av 58,6% sammenlignet med 85,4% i lav risikogruppe (hasardratio for tilbakefall = 3,16, p = 0,00004). GCP også identifisert høyrisikogruppen blant stadium II pasienter behandlet med kun kirurgi (hazard ratio = 1,77, p = 0,0053)

Citation. Lee J, Sohn jeg, Gjør IG, Kim KM, Park SH, Park JO, et al. (2014) Nanostring Basert multigen analysen å forutsi Tilbakefall for magekreft pasienter etter kirurgi. PLoS ONE 9 (3): e90133. doi: 10,1371 /journal.pone.0090133

Redaktør: Ju-Seog Lee, University of Texas MD Anderson Cancer Center, USA

mottatt: 23 september 2013; Godkjent: 26 januar 2014; Publisert: 05.03.2014

Copyright: © 2014 Lee et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres

Finansiering:. Denne studien ble støttet av en egenutført stipend fra Samsung Medical Center. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet

Konkurrerende interesser:. Patrick Tan er en PLoS ONE Editorial styremedlem. Dette endrer ikke forfatternes tilslutning til alle PLoS ONE politikk på deling av data og materialer.

Innledning

Mage kreft er svært dødelige kreftformer med fem-års overlevelse å være en av de verste rapportert for noen solide tumorer. Ifølge data fra National Cancer Institute Surveillance, Epidemiology og sluttresultatet (SEER) Program, de fem-års overlevelse for pasienter med magekreft (GC) forbedret bare beskjedent i løpet av de siste 50 årene, fra 12 til 22 prosent [1]. Tilbøyelighet til GC for tidlig metastatisk spredning har blitt godt dokumentert i tidligere studier [2], [3]. Basert på siste adjuvant fase III-studier, har overlevelsesgevinst av adjuvant kjemoterapi eller chemoradiation terapi er dokumentert i GC [4] - [7]. Imidlertid, 25 til 40% av alle kirurgisk resekterte GC pasientene fremdeles utvikle tilbakefall som ikke er mottagelig for å re-reseksjon [4], [7] - [9]. For patologisk stadium III og IV GC, 5-års sykdomsfrie overlevelse er svært dårlig (stadium IIIA, 57,6%, stadium IIIB, 39,6%, og stadium IV 26,3%) [8] impliserer at disse svulstene har iboende aggressiv atferd. I kontrast, patologisk stadium II GC pasienter har mer gunstig klinisk utfall med 5 års sykdomsfri overlevelse av 76% -90% etter kirurgi og adjuvant behandling [8], [9]. Ikke desto mindre er det et bredt spektrum av klinisk aggressivitet og med innenfor samme scene med noen pasienter som blir herdet med kirurgi alene, mens noen pasienter går igjen like etter kirurgi og adjuvant chemoradiation terapi. Derfor basert på hypotesen om at det er en betydelig molekylær heterogenitet, designet vi en stor skalert genuttrykk profilering studie for å utvikle en molekylær test som kan effektivt diskriminere lav-risiko fra høyrisiko GC grupper for tilbakefall etter operasjonen.

En molekylær test som identifiserer høyrisikopasienter for tilbakefall kan føre til optimaliserte perioperative behandlingsstrategier i GC. Discovery fasen inkluderte GC pasienter fra alle kliniske faser behandlet med kjemoradioterapi (N = 520). Tumorvev fra disse pasientene ble utsatt for prognostiske gen-funnet med Whole Genome DASL assay (WG-DASL) (Illumina, San Diego, CA), en microarray gene expression profilering metode for formalinfiksert parafin-embedded tissue (FFPE). Hensikten var å utvikle hypotese for klinisk nytte og oppdage kandidat prognostisk eller interne referanse gener som vil hjelpe utformingen fokusert genuttrykk analysen. Resultater fra denne fasen antydet at kliniske nytten av en genuttrykk basert prognostisk algoritmen kan potensielt skille en høyrisikogruppe blant stadium II pasienter.

Formålet med prosjektet var å utvikle en hypotese med klinisk nytte og oppdage kandidat prognostiske eller interne referanse gener for å utforme målrettede genuttrykk analyser. Resultatene fra discovery fasen tyder på at klinisk nytte av en genekspresjon basert prognostisk algoritmen kan potensielt skille en høyrisikogruppe blant stadium II pasienter. Med bruk av en robust flertrinns prognostisk algoritmen, ble Gastric Cancer Prognostic Score (GCP) for stadium II GC pasientene utviklet for å identifisere høyrisikopasienter for tilbakefall etter operasjonen.

Metoder

Fra september 1994 til desember 2005 1,557 GC pasienter gjennomgikk kurativ gastrektomi på Samsung Medical Center. Blant disse ble 1.107 pasienter valgt basert på følgende kriterier: histologisk bekreftet adenokarsinom i magen; kirurgisk fjerning av svulsten uten makroskopisk eller mikroskopisk restsykdom; alder ≥18; patologi stadium IB (T2bN0, T1N1 men ikke T2aN0) til IV, ifølge den amerikanske Joint Committee on Cancer (AJCC) iscenesettelse system (6 ^{th Ed); komplett kirurgisk posten og behandling posten, og pasienter som får INT-0116 regime som adjuvant behandling [7]. Studien ble godkjent av Institutional Review Board av Samsung Medical Center, Seoul, Sør-Korea (IRB godkjenningsnummer: SMC 2010-10-025). Alle deltakerne i studien gitt skriftlig informert samtykke skjema anbefalt av IRB. I de pasienter som har avdøde på tidspunktet for studien, ble skriftlig informert samtykke skjemaer frafalt av IRB. Studiedesign og pasient kohorter er gitt i henhold til REMARK retningslinje (figur 1A, 1B, File S1, seksjon 1). Av kohort av 1.107 pasienter, et funn sett av 520 pasienter og en validering sett av 587 pasienter ble randomisert og tildelt 6 batcher stratifisert av tumorstørrelse og år for kirurgi for WG-DASL analysen.}

For å unngå falske positive konklusjoner på grunn av over-fitting, prognostiske algoritmer og deres forhåndsdefinerte cut-poeng ble testet i uavhengige kohorter som ikke ble brukt for prognostisk genet oppdagelse og algoritme bygningen. En 4-fase studie ble utformet, med 4 forhåndsdefinerte uavhengige kohorter rekruttert fra Samsung Medical Center. De første 3 kohorter inkluderer pasienter med lignende kliniske og patologiske funksjoner fra kjemoradioterapi behandlet studiekohorter (Fil S1, seksjon 2). Den første fasen (discovery fasen) av studien inkluderte GC pasienter fra alle kliniske stadier som ble behandlet med cellegift eller strålebehandling (N = 520) [8]. Tumorvev fra disse pasientene ble utsatt for prognostiske gen-funnet med WG-DASL (Illumina, San Diego, CA), en microarray gene expression profilering metode for FFPE [7]. En ad-hoc ekstern validering av genet settet ble utført for å minimere eventuelle skjevheter fra felles institusjonell kohort. Den andre fasen (algoritmeutvikling) var å oversette resultatene fra første fase i en klinisk relevant test format. Vi valgte NCounter plattform (Nanostring Technologies, Seattle, Washington), på grunn av sin evne til å avhøre uttrykket nivåer på opp til 800 gener ved hjelp av total RNA hentet fra FFPE i en enkelt-rør reaksjon [8]. Vi skjermet stadium II pasienter fra første fase (N = 186) for de novo
oppdagelsen av prognostiske gener, utvalgte ideell kombinasjon av gener ved hjelp av gradient minst absolutte krymping og utvalg operatør (LASSO) algoritme [10], og deretter bygget en første-generasjons GCP (GCP-g1) ved å legge produkter av normalisert genekspresjon og koeffisienter fra Cox modell for DFS. I den tredje kohort av trinn II pasienter (n = 216). I den fjerde fasen (testing av klinisk nytte i en operasjon som bare innstilling), testet vi den potensielle kliniske nytten av GCP i stadium II pasienter som behandles med kirurgi bare. Et tidsstempel protokoll (figur S12) ble utviklet før behandlingen av denne siste kohorten. Vi senere utviklet en raffinert andregenerasjons GCP (GCP-g2) (slutt gen set) ved å analysere den kombinerte stadium II kohorter fra andre og tredje faser av studien.

Gene expression profilering bruker hele genome- DASL analysen

før hvert gen profilering eksperiment, vevsprøver ble tilfeldig fordelt til ulike grupper stratifisert ved kirurgi tid (før 2000 kontra etter 2000) og tumorstørrelse (≤5 cm vs > 5 cm) for å minimere variasjoner fra DNA-kvalitet. Total RNA ble ekstrahert fra 2-4 deler av 4-mikrometer tykke FFPE- seksjoner fra representative primære tumor blokker med High Pure RNA Parafin kit (Roche Diagnostic, Mannheim, Tyskland) etter fjerning av ikke-tumor elementer ved manuell macrodissection guidet av hematoxylin og eosin beiset lysbilder. WG-DASL Analysen ble utført ved hjelp av 200 ng av RNA etter produsentens anvisninger [11]. For NCounter analysen, ble 200 ng av total RNA hybridiserte med spesialdesignede kode sett av 800 gener for 18 timer ved 65 ° C og behandles i henhold til produsentens instruksjoner [12]. Dataene ble normalisert til gjennomsnitts uttrykk nivåer av 48 interne referanse gener valgt fra microarray eksperiment. Den detaljerte beskrivelsen av funnet fase ved hjelp av WG-DASL analysen er gitt i File S1, § 3. sammenlignbarhet i DNA kvaliteten på FFPE vev og Dypfryst vev ved hjelp DASL analysen ble publisert tidligere [13], [14].

Prognostic modellbygging og validering

algoritmen for n-Counter-baserte analysen utvikling for klinisk nytte basert på WG-DASL er gitt i File S1, §§ 4-6. Vi brukte gradient lasso algoritmen til å passe en forutsigelse modell basert på Cox proporsjonale farer modell for DFS ved hjelp av sonder med marginal p-verdi < 0,01 (Figur S2 i File S1) [10]. Vi brukte permisjon en ut kryssvalidering med de novo funn på hvert la en ut skritt for å vurdere resultatene av den prognostiske modell innenfor oppdagelsen kohort. Optimal cut-point ble bestemt ved å opprette et plott for p-verdier for hvert cut-point for den prognostiske stillingen. For valideringsstudie, ble a priori definert algoritme og cut-tallsverdier brukes. Validerings metode for GCP er skissert i File S1 § 7.

Resultater

Microarray genuttrykk profilering av GC pasienter behandlet med adjuvant kjemoradioterapi (fase 1)

Vi utførte genuttrykk profilering av FFPE fra oppdagelsen kohort av 520 tilfeller av stadium IB-IV GC behandlet med standard kjemoradioterapi etter kurativ reseksjon bruke WG-DASL analysen (figur 1). Blant dem, 432 prøvene bestått RNA kvalitetskontroll (GEO database GSE 26253) (Fil S1, avsnitt 3). Det primære endepunktet var DFS. Univariat analyse identifiserte 369 sonder som var signifikant assosiert med sykdomsfri overlevelse ved p < 0,01 uten justering for andre kliniske variabler (Fil S1 § 3d). Deretter ble gradient Lasso brukt til å utvikle en prognostisk algoritme for å forutsi tilbakefall (Fil S1 § 3e). Den leave-one-out kryssvalidering (LOOCV) prosedyre med de novo
oppdagelsen av prognostiske gener og bygging av en prognostisk algoritme på hvert trinn ble brukt til å undersøke robustheten av prognostisk algoritmen. Ifølge prognostiske gen signaturer (26 gener, File S1 § 3f) og patologiske stadier (lokalisert vs. avansert), 432 pasienter ble kategorisert i følgende grupper: lav risiko og scene IB /II (N = 145, 5-årig DFS, 84,8%), høy risiko og scene IB /II (N = 90, 5-års DFS, 61,1%), lav risiko og stadium III /IV (N = 83, 5-års DFS, 48,9%), og høy-risiko og stadium III /IV (N = 114, 5-års DFS, 36,9%) (figur 2). Som en ad-hoc-analyse, testet vi dette genet signatur ved hjelp av genuttrykk profilering data fra Singapore pasient kohort (N = 199) for å minimere eventuelle iboende skjevhet fra en enkelt institusjon kohort [15]. I det ytre pasient kohort, gensignaturen var i stand til å skille høyrisikogruppen (N = 100) fra lav-risiko-gruppen (N = 99) for tilbakefall med statistisk signifikans (p < 0,00001, hazard ratio (HR), 2,3; 95% CI, 1,62 til 3,28) (figur 2). Disse dataene antyder hoved kliniske nytten av genuttrykk profilering av GC i identifisering av høyrisikopasienter blant stadium II pasienter (lav vs høy risiko stadium IB /II, 84,8% vs. 61,1%, lav vs høy risiko stadium III /IV, 48,9% vs. 36,9%). Derfor, for utvikling av klinisk analyse og validering, vi fokusert på å utvikle et gen-sett som robust kan forutsi tilbakefall i stadium II pasienter.

Utvikling av magekreft Prognostic Score (GCP) for stadium II GC bruker NCounter assay (fase 2)

spesialdesignet en NCounter probe sett består av kandidat prognostiske gener fra WG-DASL mikroarray data (fase 1), så vel som kjente kreftgener, kinase-gener, og G-protein-koplede reseptorgener. For å møte variasjonen problem i integriteten av RNA-molekyler i arkiv FFPE grunn av pre-analytiske variabler, for eksempel fiksering tid og alder av blokkene, søkte vi innen-prøven normalisering ved hjelp av et sett med 48 interne referanse gener valgt fra microarray data basert på minimum variasjon over saker og manglende tilknytning til prognosen (File S1, seksjon 4). Sammenheng mellom hazard ratio av prognostiske gener basert på nanostring og WG-DASL er gitt i File S1 § 4b, og figur S3 i File S1.

Vi profilert 186 stadium II pasienter fra oppdagelsen sett. Etter å vurdere robustheten prognostiske algoritmer bygget av gradient LASSO gjennom LOOCV, søkte vi gradient LASSO til alle 186 pasienter og identifisert 8 gener (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4, og TFDP1) som i kombinasjon gitt robust prognostisk informasjon (tabell 1). Den GCP ble så utviklet som en lineær kombinasjon av regresjon estimater Cox og normaliserte uttrykk nivåer av disse 8 gener. Skjæringspunktet Analysen viser at GCP var mest robuste i å identifisere 25% av pasienter med verste utfall (Fil S1, seksjon 4). Vi valgte en cut-point of 0,2205 for potensielle validering i uavhengig validering kohort.

Validering av GCP og den forhåndsdefinerte cut-punkt i fase II GC pasienter behandlet med kjemoradioterapi (fase 3)

For å unngå potensielle oversittende problem forbundet med kryssvalidering [16], vi validert GCP med fast algoritme og cut-poeng i en uavhengig pasient kohort som ikke ble brukt i genet oppdagelse. De kliniske og patologiske trekk ved 216 trinn II pasienter fra valideringssettet var lik de fra oppdagelsen kohort (Fil S1, § 6, og figurene S4-6 i File S1). Når vi brukt GCP-g1 til valideringssettet, risikoen poengsum fordelingen var svært like, noe som tyder på robust analytiske resultatene av analysen (File S1 § 7a, og figur S7 er File S1). Den forhåndsdefinerte cut-point (0,2205) for GCP-g1 klassifisert 22,7% av svulster fra valideringssettet som høyrisikogruppe. Den Kaplan Meier estimat av fem års DFS for pasienter med høy risiko var 58,6%, sammenlignet med 85,4% for pasienter med lav risiko (HR for tilbakefall, 3,16; p = 0,00004) (figur 3). GCP var betydelig i både intestinal- og diffuse- typen GCer, som vist i Figur S8 i File S1 (Fil S1 § 7b). Den multivariate analysen viser videre at GCP-g1 gitt ytterligere prognostisk informasjon, i tillegg til andre kjente faktorer som Lauren klassifisering, differensiering klasse, alder og kirurgi type (HR, 3,027, p = 0,00016, tabell 2). Derfor kan GCP brukes til å identifisere scenen II pasienter som fortsatt har høy risiko, selv etter standard adjuvant kjemoradioterapi og som har tilsvarende risiko for tilbakefall som stadium III pasienter.

GCP som en prognostisk faktor for stadium II GC pasienter behandlet med kirurgi bare basert på en prospektiv protokoll (fase 4)

gjennomgang av kliniske database identifisert 306 pasienter som ikke fikk postoperativ behandling basert på felles beslutning mellom leger og pasienter (File S1 § 1, tabell S1 i File S1). Disse pasientene ble utsatt for utforskende analyser for å vurdere prognostisk rolle GCP hos pasienter behandlet med kirurgi bare og teste hypotesen om at utbytte av kjemoradioterapi er begrenset i høyrisikopasienter definert av GCP. For dette trinnet, har vi utviklet GCP-g2 (tabell S8 i File S1), andre generasjon GCP, ved å analysere alle stadium II saker fra fase 2 og 3 for å maksimere størrelsen på utvalget. Vi testet prospektivt den forhåndsdefinerte GCP-g2 algoritme og skjæringspunktet som beskrevet i tidsstempelet protokollen (fig S12 i File S1). Den GCP-g2 spådd tilbakefall i 300 stadium II svulster med en hasardratio på 2,131 (95% CI, 1,428 til 3,180; p = 0,00021) (HR, 3,16) (figur S9 i File S1). For å minimere muligheten for over-montering av algoritmen til kjemoradioterapi behandlede pasienter, har vi også testet GCP-g1, som tidligere ble validert i kjemoradioterapi behandlede kohort, i kirurgi alene kohort (figur S10 i File S1). Hazard ratio for GCP-g1 (HR, 1,77; 95% KI 1,18 til 2,67; p = 0,0053) er lik som for GCP-g2 (figur 3). Derfor GCP robust spådd tilbakefall i stadium II GC med eller uten postoperativ behandling. Basert på denne informasjonen, kan det spekulert i at høy risiko stadium II pasienter som er definert av GCP ikke få en enorm nytte av kjemoradioterapi.

Uttrykk av ugunstige prognostiske gener i kreft microenvironments

I alle 3 stage II kohorter inkludert i denne studien, økt uttrykk nivåer av 4 gener fra GCP (NOX4, LAMP5, MATN3, og CLIP4) var assosiert med dårlig prognose. Siden de kjente funksjonene til disse genene foreslå deres uttrykk i microenvironments snarere enn selve kreftceller, utførte vi NCounter analysen for microdissected svulster versus stromal komponenter fra 4 representative høyrisikosvulster (figur S11 i File S1). Ekspresjonen av disse genene var signifikant høyere i stromale komponenter, sammenlignet med epiteliale kreftceller, med NOX4 viser de mest markante forskjeller (p = 0,04).

diskusjon

I en innledende fase oppdagelse, vi utførte WG-DASL i alle stadium GC pasienter. Deretter, basert på WG-DASL data, observerte vi at segregering av høyrisikogruppen fra lav risikogruppen var mest betydningsfulle i tidlig fase Ib /II pasienter (lav vs høy risiko stadium IB /II, 84,8% vs. 61,1%; lav vs høy risiko stadium III /IV, 48,9% vs. 36,9%). Derfor, for utvikling av klinisk analyse og validering, vi fokusert på å utvikle et gen-sett som robust kan forutsi tilbakefall i fase II pasienter. Vi utviklet og validert en prognostisk algoritme for magekreft, GCP, som robust kan identifisere høyrisikogrupper for tilbakefall blant stadium II pasienter. GCP, utviklet ved hjelp av NCounter plattformen, viste robust ytelse i FFPE-prøver. I tillegg, inkludering av interne referansegener tillot anvendelse av GCP til den enkelte pasient. Derfor foreslår vi at GCP lett kan brukes til rutinemessig klinisk bruk. Den GCP av 8 gener (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4, og TFDP1) ble oppdaget og validert i over 700 stadium II GC pasienter. Vi fant ut at GCP identifiserte høyrisiko GC pasienter for tilbakefall uansett adjuvant behandling og at høyrisiko stadium II GC pasientene viste lik DFS å iscenesette III pasienter. Spesielt, spådde GCP gjentakelse av både Lauren typer (diffust eller tarm) (figur S8 i File S1).

Våre data viser tydelig tilstedeværelse av molekylær heterogenitet i GC, som ble assosiert med kliniske resultater, men uavhengig av clinicopathologic iscenesettelse informasjon. Våre data tyder på at scenen IB /II pasienter hadde svært dårlig prognose når deres tumorer uttrykt dårlig risiko gen signaturer. Det var en forskjell på 23,7% i 5-års DFS mellom høy risiko og lav risiko genet signaturer i stadium IB /II pasienter, og 5-års DFS med høy risiko stadium IB /II pasienter var under 60%, til tross for bruk av adjuvans kjemoradioterapi (figur 1). Derfor kan det være nødvendig å prospektivt designe en studie for å stille spørsmål ved om kjemoradioterapi er nødvendig for stadium IB /II pasienter med lav risiko genuttrykk profiler. For å minimalisere eventuelle skjevheter fra variasjoner i klinisk praksis eller kirurgi ved et enkelt senter, utførte vi en ad hoc ekstern validering av signaturen til å validere signaturen. Som vist i resultatene, signaturen konsekvent spådd tilbakefall i Singapore kohort.

Blant de 8 finale GCP gener (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4, og TFDP1), CDC25B og CDK1, som er kjent for å være assosiert med celleproliferasjon, ble funnet å korrelere med gunstig prognose (negative Cox regresjons anslag i tabell 2). Spesielt, har en lignende trend ble observert for tykktarmskreft med en genekspresjon analyse [17], [18]. Disse funnene kan reflektere differensiering status for disse kreftceller, ettersom normal mage og tykktarm slimhinne epitelceller har høy omsetning priser. TFDP1 koder for transkripsjonsfaktoren DP-1, som virker som en positiv regulator av G1 /S overgang i løpet av cellesyklusen [19], [20]. Spesielt i leverkreft, ble TFDP1 overekspresjon vesentlig i forbindelse med sykdomsprogresjon [19]. Siden rammen av denne studien ikke inkluderer den funksjonelle studier av disse genene, bør deres biologiske signifikans bli undersøkt i fremtidige studier. Nylig har Cho et al.
Utført den største genuttrykk profilering i 213 GC pasienter med ferske frosne vev [21]. De identifiserte 6 prognostiske gener (CTNBB1, EXOCS3, TOP2A, LBA1, CCL5, og LZTR1) for pasient overlevelse etter kurativ reseksjon. Men til vår beste overbevisning, er GCP den eneste genet sett som nå har blitt validert i mer enn 700 stadium II GC pasienter, uavhengig Lauren klassifisering (diffust eller tarm), en kjent prognostisk faktor, eller adjuvant behandling.

som konklusjon, med bruk av en flertrinns metode, utviklet vi 8-genet GCP, som var i stand til å identifisere robust høyrisikotrinn II GC-pasienter for tilbakefall etter operasjonen uavhengig av adjuvant behandling. Foreløpig med den pågående ARTIST-II-studie (NCT61461), planlegger vi å validere vår GCP i en prospektiv fase III-studie.

Hjelpemiddel Informasjon
Fil S1.
1. Pasient kjennetegn studiekohorter på hvert trinn (tabell S1). en. Tabell S1. Pasienter egenskaper. 2. Kliniske og patologisk karakteristikk av tilfellene undersøkt på hver fase. 3. Detaljert beskrivelse av funnet trinn ved hjelp av WG-DASL analysen (trinn 1). en. Figur S1. QA av WG-DASL data. b. Tabell S2. Sammenligning av fisk og IHC resultater for HER2-status i magekreft i trinn 1. c. Tabell S3. Liste over sonder som er forskjellig uttrykt mellom HER2-positiv og HER2- negative pasientgrupper i trinn 1. d. Tabell S4. Liste over alle sonder med univariate p-verdier og 0,01 i trinn 1. e. Figur S2. Gradient Lasso algoritme. f. Tabell S5. Liste over 26 sonder som inngår i prognosemodellen monteres av hele datasettet (n = 432). g. Tabell S6. Multivariat Cox regresjonsanalyse resultater i genet oppdagelse sett (n = 432). 4. Design av fokusert genuttrykk analysen bruker NCounter plattform. en. Tabell S7. Liste over referanse gener for NCounter analysen. b. Figur S3. Sammenheng mellom hazard ratio av prognostiske gener basert på quantile normalisering og selv normalisering bruker WG-DASL analysen. 5. NCounter analyse og kvalitetskontroll. 6. Valg av cut-off for Gastric Cancer Prognostic Score (GCP (figur S4, S5, & S6) en figur S4 DFS Cut-punkt i henhold til hver kvartiler av GCP-g1 b Figur S5 analyse for...... GCP-g1. c. Figur S6. DFS ifølge optimalisert cut-point of GCP-g1. 6. Fordeling av GCP mellom oppdagelse sett og validering sett. a. Figur S7. Fordeling av GCP-g1 innenfor oppdagelsen og validering sett. b Figur S8 GCP... intestinal vs diffuse typen 7. Testing av klinisk nytte av GCP-g2 hos pasienter behandlet med kirurgi bare en figur S9 DFS av stadium II pasienter behandlet med kjemoradioterapi basert på kvartil av GCP-g2.... b. Figur S10. DFS for stadium II pasienter behandlet med kirurgi alene basert på kvartil av GCP-g2. c. Figur S11. uttrykk av ugunstige prognostiske gener som inngår i Gastric Cancer Prognostic poeng i henhold til vevsområder (tumor versus stroma). Normalisert uttrykk nivåer er vist. d. Tabell S8. Liste over NCounter sonder inkludert i GCP-g2. 8. Magekreft kreft~~POS=HEADCOMP valideringsstudie protokollen. en. Figur S12. Magekreft valideringsstudie protokoll
doi:. 10,1371 /journal.pone.0090133.s001 plakater (docx)

• PLoS ONE: HIF-1 Alpha Overuttrykte korrelerer med dårlig total overlevelse og sykdomsfri overlevelse hos pasienter med ventrikkelkreft Post-gastrektomi
• PLoS ONE: Pasienter med alderdom eller proksimal Svulster Dra nytte av metabolsk syndrom i Early Stage Gastric Cancer