PLoS ONE: Overexpressie van E2F mRNA's geassocieerd met maagkanker Progression Geïdentificeerd door de transcriptiefactor en miRNA Co-Regulatory Network Analysis

Abstract

genexpressie wordt geregeld op de transcriptie en translatie niveaus; dus beide transcriptiefactoren (TF) en microRNA's (miRNA) een rol spelen bij de regulatie van genexpressie. Deze studie geprofileerde differentieel tot expressie mRNA en miRNAs bij maagkanker weefsels naar een TF en miRNA co-regulerende netwerk te bouwen met het oog op veranderde genen te identificeren bij maagkanker progressie. Een totaal van 70 gevallen maagkanker en gekoppeld aangrenzend normaal weefsel werd onderworpen aan cDNA en miRNA microarray analyses. We kregen 887 up-gereguleerd en 93 down-gereguleerde genen en 41 down-gereguleerd en 4 up-gereguleerd miRNAs bij maagkanker weefsels. Met behulp van de Transcriptionele Regulatory Element Database, kregen we 105 genen die worden gereguleerd door de E2F familie van genen en het gebruik van Targetscan, Miranda, miRDB en miRWalk gereedschappen, we voorspelden potentieel targeting genen van deze 45 miRNAs. Vervolgens hebben we bouwde de E2F-gerelateerde TF en miRNA coregulerende genetische netwerk en geïdentificeerd 9 hub-genen. Bovendien vonden we dat de niveaus van E2F1, 2, 3, 4, 5, 7 en mRNA's geassocieerd met maagkanker invasie capaciteit en heeft gekoppeld tumordifferentiatie. Deze gegevens toonden overexpressie van E2F mRNA's geassocieerd met maagkanker progressie

Citation:. Zhang X, Z Ni, Duan Z, Z Xin, Wang H, Tan J, et al. (2015) overexpressie van E2F mRNA's geassocieerd met maagkanker Progression Geïdentificeerd door de transcriptiefactor en miRNA Co-Regulatory Network Analysis. PLoS ONE 10 (2): e0116979. doi: 10.1371 /journal.pone.0116979

Ontvangen: 30 september 2014; Aanvaard: 17 december 2014; Gepubliceerd: 3 februari 2015

Copyright: © 2015 Zhang et al. Dit is een open toegang Artikel gedistribueerd onder de voorwaarden van de Creative Commons Attribution License, die onbeperkt gebruik, distributie en reproductie maakt in elk medium, op voorwaarde dat de oorspronkelijke auteur en de bron worden gecrediteerd

Data Beschikbaarheid: Alle relevante gegevens zijn binnen het papier en de Ondersteunende informatie bestanden. De gegevens zijn gedeponeerd bij de GEO-database, onder het toegangsnummer GSE63089

Financiering:. Dit werk werd mede ondersteund door subsidies van de National Natural Science Foundation of China (̭20108025 en̮72662), Stichting van de provincie Jilin Science and Technology Department (É30522013JH enÉ40414048GH) en de Norman Bethune Program van Jilin University (É2219). De auteurs danken ook de Medjaden Bioscience Limited (Hong Kong, China) voor het bewerken en proeflezen dit manuscript. De financiers hadden geen rol in de studie design, het verzamelen van gegevens en analyse, besluit te publiceren, of de voorbereiding van het manuscript

Competing belangen:.. De auteurs hebben verklaard dat er geen tegenstrijdige belangen bestaan ​​

Introductie

Maagkanker is nog steeds een van de belangrijkste gezondheidsproblemen in ontwikkelingslanden, zoals in China, hoewel de frequentie geleidelijk afneemt in de westerse landen. Over het algemeen, maagkanker is goed voor de vierde van de incidentie en de tweede van de sterftecijfers onder alle kankers in de wereld [1-3]. Maagkanker risicofactoren zijn Helicobacter pylori-infectie, frequente consumptie van gerookt voedsel, gezouten vis en vlees, en ingemaakte groenten, tabaksrook, obesitas, of chronische gastritis. Deze risicofactoren kunnen coördineren om genexpressie of mutatie of epigenetische veranderingen manipuleren en uiteindelijk resulteren in de maag de ontwikkeling van kanker. Tot op heden is een grote hoeveelheid kennis opgebouwd over de moleculaire veranderingen geassocieerd met maagkanker, zoals ARID1A, TP53 [4], PTGER4, PRKAA1, ZBTB20 [5] en PLCE1 [6]. Toch blijft de mogelijke verklaring voor verschillende genen gemedieerde maagkanker te bepalen. Derhalve is het cruciaal om verder te onderzoeken moleculaire pathogenese van maagkanker met de systematische biologische benadering, zoals de aanleg van differentieel geëxpresseerde genen-regelgevingsnetwerk het belangrijke gen-route of signalering tijdens maag kankerontwikkeling en progressie.

Genexpressie wordt gereguleerd in de transcriptie en translatie niveaus. Op het transcriptie niveau gen transcriptiefactoren (TF) spelen een belangrijke rol in de regulatie van de genexpressie van de mens, terwijl miRNA kon op de post-transcriptie niveau te reguleren mRNA vertaling en half-life. Specifiek TF zijn eiwitten die binden aan specifieke DNA-sequenties en gentranscriptie daardoor regelen. MiRNA is een klasse van natuurlijk voorkomende kleine niet-coderende RNA's met 18-22 nucleotiden lang en functioneel miRNA kan post- transcriptioneel stil eiwitexpressie door te binden aan complementaire doelwit gen transcripten, waardoor deze messenger RNAs afbreken of te remmen door de omrekening in eiwitten. Aldus kunnen zowel TF en miRNAs genen in verschillende stadia van genexpressie reguleren en kan een terugkoppellus voorzien van ingewikkelde regelgevingsnetwerk strak controle genexpressie vormen. In dat opzicht zou studie van dit gen regelgevingsnetwerk ons ​​helpen celhomeostase en fysiologisch proces, biologische functie, en het mechanisme van ziekten te begrijpen. Tot op heden zijn een aantal studies genregulatie van TF en miRNA getoond in maagkanker, zoals nucleaire factor kappa B [7], FoxM1 [8], hypoxie-induceerbare factor 1 [9], en miR-7 [10] , miR-375 [11], miR-125b, miR-199a, miR-100 [12]. Inderdaad, afwijkende miRNA of TF expressie bijdraagt ​​aan humane carcinogenese [13]. Daarom is in deze studie hebben we de rol van de gecombineerde miRNA en transcriptiefactoren bij de regulatie van genexpressie in maagkanker voor associatie met maagkanker progressie. We hebben eerst gedetecteerd differentiële expressie van genen en miRNAs bij maagkanker weefselmonsters en geanalyseerd hen bioinformatically om de TF-miRNA regelgevende netwerk te vormen om de expressie van E2F familie mRNA betreffen met maagkanker. Vervolgens hebben we bevestigd E2F expressie voor associatie met maagkanker progressie.

Materialen en methoden

Patiënten en monsters weefsel

Deze studie werd door de ethische commissie van de School of Basic Medical goedgekeurd Sciences, Jilin University en elke patiënt werd toegestemd in een informed consent-formulier. Na dat, we ingeschreven 70 maagkanker patiënten uit Jilin University (Changchun, China) tussen april 2012 en oktober 2014. Alle patiënten hadden ontvangen elke pre-chirurgische behandeling, zoals chemo- of radiotherapie. Zowel tumor en verre normale weefsels werden verkregen van de operatiekamer en opgeslagen in vloeibare stikstof in 10 minuten.

RNA-isolatie en miRNA bereiding

Totaal cellulair RNA werd geïsoleerd uit weefsel monsters met de Trizol reagens (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) en vervolgens verder gezuiverd onder toepassing van een RNeasy Mini kit (Qiagen, Düsseldorf, Duitsland). RNA concentratie werd vervolgens bepaald volgens de Epoch meerdere volumes Spectrophotometer System (BioTek, Vermont, USA). Daarna werd miRNA geïsoleerd uit deze RNA-monsters met behulp van de Mirvana miRNA isolatie Kit (Ambion, Austin, TX, USA).

Exon microarray-analyse

In deze studie hebben we eerst geprofileerd genexpressie tussen 45 maagkanker en aangrenzend normaal weefsel monsters gekoppeld met de Affymatrix Gene Chip arrays Exon 1,0 ST (Affymatrix, CA, USA). Specifiek werd 1 ug RNA monster omgekeerd getranscribeerd in cDNA en deze cDNA monsters werden daarna gedigereerd tot fragmenten cDNA met de endonucleasen en gelabeld met het DNA labeling reagens middels DNA Labeling Kit (Affymatrix, CA, USA). Het gelabelde cDNA matrijzen werden gebruikt als probes om te hybridiseren met de Affymatrix Gene Chip arrays Exon 1,0 ST in een toestand van 45 ° C incuberen en rotatie bij 60 rpm gedurende 17 uur. Daarna werden de arrays gewassen en gescand met behulp van Gene Chip Scanner 3000 met Gene Chip Operating Software (GCOS).

miRNA microarray-analyse

We geprofileerde ook verschillend tot expressie miRNAs in 15 maagkanker en gepaarde aangrenzend normaal weefsel monsters met behulp van Affymatrix Gene Chip microRNA array. Vergelijkbaar met de cDNA microarray experimenten werd het miRNA proben gebruikmakend van RNA Labeling Kit (Affymatrix, CA, USA) werden gehybridiseerd met Affymatrix Gene Chip microRNA matrix bij 45 ° C en geroteerd met 60 rpm gedurende 17 uur. Daarna werden de arrays gescand met GCOS.

microarray gegevensanalyse

De onbewerkte microarray data werden geanalyseerd onder toepassing Limma algoritme om differentieel tot expressie gebrachte genen en miRNAs identificeren en vervolgens geanalyseerd op de lineaire modellen empirische Bayes methoden. Een T Shirts-test en Bonferroni correctie werd gebruikt voor het bepalen van de statistische significantie van elke differentiële expressie. Genen en miRNA werden beschouwd als significant verschillend worden uitgedrukt als p
-waarden < 0,05 en genexpressie vertoonden ten minste 1,5-voudige veranderingen tussen kanker en hun normale weefsels. QUBIC programma (Kwalitatieve BI-Clustering) werd gebruikt om cluster-analyse van differentieel tot expressie van genen. Het basisidee van het algoritme alle subgroepen van genen met gelijkaardige expressiepatronen bij sommige subsets van kanker weefsel, en dus genen betrokken bij elk dergelijk patroon kan misschien worden gebruikt handtekeningen voor kanker sub-typen of staging voorbeeld. Voor onze bi-clusteranalyse, hebben we de volgende parameters gebruikt: r = 1, q = 0,06, c = 0,95, o = 100, f = 1 [14,15]. Database voor annotatie, visualisatie en geïntegreerde Discovery (DAVID) en Kyoto Encyclopedie van genen en genomen (KEGG) gereedschappen werden gebruikt voor functionele analyse en traject indeling van deze verschillende genen.

qRT-PCR

totaal cellulair RNA van kankercellen en normale gastrische weefsels werden omgekeerd getranscribeerd in cDNA met behulp 1 ^{st streng cDNA Synthsis Kit (Takara, Dalian, China) volgens de aanbevelingen van de fabrikant. Expressie van E2F1, E2F2, E2F4 en) mRNA werd geanalyseerd 10 maagkanker en gekoppeld aangrenzend normaal weefsel monsters door Q-PCR met SYBR Premix Ex Taq (Takara) en β-actine werd gebruikt als een interne controle. De primers worden vermeld in tabel 1. De qPCR gegevens werden voor gekwantificeerd door het gebruik van 2 ΔΔCt methoden.}

De bouw van de TF-miRNA co-regulering netwerk

Na microarray data-analyse, we verkregen TF en de latente target genen die worden gereguleerd door de familie E2F door middel van het zoeken van Transcriptionele Regulatory Element Database (TRED). Bovendien is de miRNAs targeting E2F familie werd bepaald ondervragen vier doel voorspelling databases, dat wil zeggen, Targetscan, Miranda, miRDB en miRWalk databank [16-18]. Vervolgens hebben we combineerde deze differentieel uitgedrukt genen en miRNAs deze TF-miRNA mederegulerende netwerk gerelateerd aan E2F familie met behulp van Cytoscape software te bouwen. In de TF-miRNA co-regulerende netwerk, we gedefinieerd knooppunt als een hub gen of miRNA wanneer het rechtstreeks verband houdt met meer dan twee totaal knooppunten in het netwerk.

Analyse van E2F familie mRNA voor associatie met clinic pathologische kenmerken van maagkanker patiënten

met behulp van de receiver operating characteristic (ROC) curves, analyseerden we differentieel tot expressie van genen die worden gereguleerd door de E2F mRNA tussen maagkanker en gepaarde aangrenzende normale weefsels gen. Vervolgens hebben we geselecteerd en onderscheidt zich van de beste aangepaste genen voor samenwerking met de kliniek pathologische kenmerken met behulp van de binaire logistische regressie-analyse.

Statistische analyse

De ROC-curve en binaire logistische regressie-analyse werden gebruikt voor het differentieel tot expressie van genen die worden gereguleerd door de E2F mRNA tussen maagkanker en gepaarde aangrenzende normale weefsels. One-way ANOVA werd gebruikt voor het koppelen tussen E2F familie en de mate van tumorcel invasie. GraphPad Prism software 6 werd uitgevoerd om ROC curve en berekening van de gevoeligheid, specificiteit en het gebied te verkrijgen onder de curve (AUC). SPSS 18.0 software werd gebruikt voor One-way ANOVA en binaire logistische regressie-analyse. Een p-waarde < 0,05 werd beschouwd als statistisch significant te zijn

Resultaten

Detectie van differentieel tot expressie van genen en miRNAs tussen maagkanker en de bijbehorende normale weefsels

We hebben eerst uitgevoerd. de Affymatrix Exon Arrays analyse om differentieel tot expressie van genen tussen maagkanker en gekoppeld aangrenzend normaal weefsel op te sporen in 45 patiënten (gegevens van patiënten worden weergegeven in tabel S1). De GEO Datasets van NCBI toegangsnummer van deze studie was GSE63089. Het gebruik van > 1,5 keer verandert als de cut-off-waarde, we geïdentificeerd 887 up-gereguleerd en 93 down-gereguleerde genen (S2 tabel). Functionele analyse bleek dat deze verschillende genen voornamelijk gevormd gen routes, zoals celcyclus, p53 signaalroute kanker weg, extracellulaire matrix-receptor interactie, celadhesie, glycolyse /gluconeogenese en cytokine receptor interactie (fig. 1). E2F familie spelen een belangrijke rol tijdens celcyclus G1 /S transitie in cellen en genexpressie van E2F1, 2, 3, 4, 5, en 7 bleken alle overexpressie (p < 0,01) in maagkanker in deze studie.

Vervolgens voerden we ook de Affymatrix Gene Chip microRNA array analyse in 15 gevallen van maagkanker en gepaarde aangrenzende normale weefsels (gegevens van patiënten worden weergegeven in tabel S1). De GEO Datasets van NCBI toegangsnummer van deze studie was GSE63121. We hebben 41 down-gereguleerd en 4 up-gereguleerd miRNAs (S3 tabel). Fig. 2 geïllustreerde de bi-clusters cluster analyse van die 45 differentiële miRNAs bij maagkanker versus normale weefsels. Functioneel kunnen deze miRNAs differentieel tot expressie reguleren ander gen routes, bijvoorbeeld transcriptie-activator activiteit, DNA binding, transcriptiefactoractiviteit post transcriptionele regulatie van genexpressie en G1 /S overgang mitotische celcyclus.

Building- up en analyse van de E2F-familie-gerelateerde TF-miRNA co-regulering netwerk

om de E2F familie-gerelateerde TF-miRNA co-regulerende netwerk weer te geven, hebben we gebruik gemaakt TRED aan TF en latente target genen geregeld informeren door E2F familie en vervolgens gekozen voor de differentieel tot expressie TF en latent target genen bij maagkanker weefsels. We vonden in totaal 105 TF latente doelgenen die kan worden geregeld door E2F familie bij maagkanker (5 neerwaarts gereguleerd en 100 opgereguleerd genen, zie tabel S4), die een 105 genetische netwerk na de bi- kunnen vormen clusters cluster analyse (Fig. 3) De DAVID analyse bleek deze 105 genen zijn het meest celcyclus-gerelateerde genen (afb. 4).

Vervolgens hebben we gebruik gemaakt van online tools Targetscan, Miranda, miRDB en miRWalk databank te voorspellen potentieel targeting genen van deze 45 miRNA en vervolgens fuseerde deze targeting genen met deze 105 differentieel tot expressie van genen. We hebben 7 down-gereguleerd en 2 up-gereguleerd miRNAs (S3 tabel). Daarna bouwden we de E2F-gerelateerde TF-miRNA regelgevende netwerk (Afb. 5).

Na dat we deze E2F-gerelateerde TF-miRNA regelgevende netwerk geanalyseerd en vond dat E2F1, E2F2 en E2F4 in E2F familie spelen een belangrijke rol in deze TF en miRNA co-regulerende netwerk. Drie overregulering mRNA (E2F1, E2F2 en E2F4) vanaf het differentieel tot expressie gebrachte mRNA's werden gevalideerd met behulp van real-time PCR (RT-PCR). De resultaten toonden aan dat E2F1, E2F2 en E2F4 in maagkanker monsters veel gereguleerd verhouding tot de normale monsters. De RT-PCR resultaten en microarray gegevens consistent (p < 0,05, figuur 6.). Bovendien identificeerden we 9 hub-genen van verwante E2F-TF-miRNA regelgevingsnetwerk, die samen worden gereguleerd door TF (fig. 7). De DAVID analyse van deze genen naaf 9 en functies getoond in Tabel 2.

Vereniging van E2F familie mRNA niveaus met kliniek pathologische kenmerken van maagkankerpatienten

We verder geanalyseerd expressie van E2F en mRNAs vervolgens gekoppeld ze met clinic pathologische kenmerken van maag-kankerpatiënten. De ROC curves toonde aan dat E2F1, 2, 3, 4, 5 en 7 kunnen de latente doelstellingen maagkanker weefsel en normale mensen (Fig. 8) te onderscheiden. Dikwijls worden verscheidene E2F familie mRNAs kan verdere verbetering van de specificiteit en gevoeligheid van de onderscheidende tussen maagkanker en normale weefsels na regressie van binaire logistische analyse (Fig. 8). Bovendien vonden we niveau van E2F1, 2, 3, 4, 5 en 7 mRNA geassocieerd met diepte van maagkanker invasie (fig. 9). We vonden ook dat E2F expressie is geassocieerd met tumor differentiatie (afb. 10).

Discussie

In deze studie hebben we gebruik gemaakt van een cut-off waarde van 1,5 voudige verandering geprofileerde differentieel tot expressie mRNA en miRNAs bij maagkanker weefsels, die in overeenstemming met de meeste eerdere studie van cDNA of miRNA microarrays [19]. Deze verschillend tot expressie mRNA en miRNAs bij maagkanker weefsels waren meestal gerelateerd aan voortgang van de celcyclus, vooral E2F familie. Tot op heden hebben de leden van de E2F-eiwitten omvatten E2F1- E2F8 en onder hen, E2F1, 2, 3, 4, 5, 7 en eiwitten werden alle aanzienlijk overexpressie in maagkanker in de huidige studie. Zo hebben we voorspeld dat E2F familie heeft belangrijke regulerende functies bij maagkanker. Zo, gebouwd we deze E2F-gerelateerde TF-miRNA co-regulering netwerk voor maagkanker op basis van onze microarray profiling data. Dit netwerk bevat 105 TF en de gereguleerde latente doelgenen (5 neerwaarts gereguleerd en 100 opgereguleerd genen) die gerelateerd zijn aan E2F familie en 9 differentieel miRNAs (7 neerwaarts gereguleerd en 2 opgereguleerd miRNAs) (fig. 5) . Met andere woorden, E2F familie van genen ervan over deze 105 genen en 9 miRNAs celcyclus progressie van maagkanker regelen. Inderdaad, vonden we dat doel genen gereguleerd door E2F1 en E2F4 verscheen hoeveelheden differentiële expressie bij maagkanker, wat aangeeft dat E2F1 en E2F4 zijn zeer waarschijnlijk een belangrijk aandeel innemen in de groei van maagkanker. Bovendien miRNAs differentieel tot expressie bij maagkanker waren in staat om de expressie van E2F1, E2F2, E2F5 en E2F7 te reguleren, wat aangeeft dat-miRNAs veranderde expressie van E2F eiwitten belangrijke factoren in de maag de ontwikkeling van kanker of progressie.

Sterker nog, E2F familieleden spelen een belangrijke rol tijdens celcyclus G1 /S transitie in cellen en hun veranderde expressie droeg een aantal menselijke ziekten, waaronder kanker [20]. Bijvoorbeeld, tijdens maag groei en progressie van kanker, zullen kankercellen bevorderen tumorcelproliferatie, maar remt apoptose. Op het genniveau, transcriptiefactor E2F familie van genen speelt een belangrijke rol in het reguleren van de celcyclus door bevordering tijdige expressie van genen die nodig zijn voor DNA-synthese bij de G1 /S-fase transitie. E2F activiteit zelf wordt gecontroleerd door retinoblastoom eiwit (RB) en de pocket eiwitten p107 en p130. Tot op heden hebben de leden in E2F eiwitten zijn E2F1-E2F8, met inbegrip van transcriptie geactiveerd factoren E2F1-3a, die vooral te reguleren celcyclus overgang van G0 tot S-fase, en transcriptie remde factoren E2F3b-E2F8, die worden uitgedrukt in rustende of gedifferentieerde cellen en voorkomen voortgang van de celcyclus [21]. Eerdere studies toonden aan dat veranderde expressie van E2F genfamilie nauw geassocieerd met groei van borstkankercellen [22], ovariale kanker [23], blaaskanker [24], colorectale kanker en pancreaskanker [25]. Bij maagkanker, eerdere studies toonden aan dat E2F abnormaal tot expressie werd gebracht en E2F expressie gereguleerd door miRNAs geassocieerd met celcyclus en apoptose onderdrukking bij maagkanker cellen te onderdrukken TGFp tumor suppressor pathway [26]. E2F genmutatie is ook een van de oorzaken van vroege maagkanker voorkomen [27]. Onze huidige gegevens worden deze bevinding ondersteund.

Echter, naast E2F familie, TP53, BRCA1 en STAT3 ook een belangrijke rol spelen in deze TF en miRNA co-regulerende netwerk (Afb. 5). Bijvoorbeeld TP53is een van de meest bestudeerde genen en speelt een rol bij de regulering van apoptose, genomische stabiliteit en angiogenese [28]. Een eerdere studie toonde aan dat p53 mutation
direct verband met ontwikkeling van maagkanker [4] en andere studie toonde aan dat het herstel van p53 activiteit induceerde de gevoeligheid van maagkanker chemotherapie [29]. BRCA1 is de gevoeligheid gen van borstkanker en reguleert cel apoptose en reparatie DNA-schade. BRCA1 speelt een rol in de regulatie DNA herstel activiteit en
BRCA1 mutatie bijgedragen tot de ontwikkeling van borstkanker, ovariumkanker [30], pancreaskanker [31], en maagkanker [32]. Verloor expressie van BRCA1 eiwit werd geassocieerd met een slechte overleving maagkanker patiënten [33]. Onze huidige studie toonde aan dat BRCA1 mRNA werd geassocieerd met maagkanker differentiatie. Bovendien STAT3 is een transcriptiefactor die wordt geactiveerd in reactie op groeifactoren en cytokine, en draagt ​​bij aan de regulering van celproliferatie, apoptose en motiliteit van cellen. Eerdere studies toonden aan dat STAT3 een belangrijke regulerende factor [34] in de maag kankerontwikkeling en STAT3 activering bevorderd tumorcel overleving en migratie [35]. Een eerdere studie gebruikt STAT3 remmer voor de behandeling van maagkanker en toonde werkzaamheid [36].

Verder miRNAs (miR-125a-5p, miR-331-3p, miR-17, miR-150, miR-155 , miR-27b, miR-31, miR-92a en miR-509-5p), die differentieel tot expressie bij maagkanker, bleken expressie van E2F1, E2F2, E2F5 en E2F7 regelen in deze studie (Tabel S3). Eerdere studies toonden aan dat miR-125a-5p expressie werd geassocieerd met de maag carcinogenese door zich te richten van E2F3 [37]. MiRNA-331-3p rechtstreeks richt E2F1 en geïnduceerde groeiremming van menselijke maagkanker cellen [38]. Bovendien, de expressie van miR-155 was in staat om TGF-β1-gemedieerde activering van de Rb te blokkeren en op zijn beurt aan de overvloed van de remmende pRB-E2F1 complex en een lift G0 /G1 arrestatie [39] te verlagen. MiR-17-familie clusters zijn in opkomst als belangrijke modulatoren van TGF-βtumor suppressor signalering bij maagkanker, door regulatie van p21, E2F1-3 en E2F5 doelwit genexpressie [40-42]. Bovendien werden miR-150, miR-31 en miR-92a ook gebleken nauw verwant aan maagkanker [43-46]. Hoewel er zijn geen meldingen over miR-509-5p in verband met maagkanker, miR-509-5p toegetreden tot de Mdm2 /p53 terugkoppeling en regelt de groei van kankercellen [47]. Deze studies waren consistent met onze huidige resultaten.

Daarnaast is de regelgeving tussen TF-genen en miRNA-TF kan de synergetische effecten. Op basis van onze nieuw opgerichte E2F-gerelateerde TF-miRNA co-regulerende netwerk identificeerden we 9 hub-genen die voornamelijk betrekken bij celcyclus en chromosoom organisatie (fig. 7). Genomen alle gegevens bij elkaar, onze huidige studie wijzen erop dat de maag ontwikkeling en progressie van kanker betrokken zijn meerdere genen en verder onderzoek zal zich richten op deze genen als nieuwe targets voor de controle van maagkanker.

Echter, onze huidige studie alleen maar op voorwaarde dat een voorlopige gegevens en verdere bevestiging onderzoek nodig onze gegevens verifieert ex vivo en in vitro. Deze systematische aanpak kan ons helpen om kanker pathogenese verkennen en te zorgen voor de theoretische basis voor het zoeken nieuwe strategie voor de behandeling van maagkanker in de toekomst.

Ondersteunende informatie
S1 Table. Kenmerken van patiënten
doi:. 10.1371 /journal.pone.0116979.s001
(DOC)
S2 Table. . Samenvatting van 980 differentieel tot expressie gebrachte genen in maagkanker weefsels in vergelijking met de verre normale weefsels
gen expressieniveaus in maagkanker weefsel versus de verre normale weefsels waren minstens 1,5 maal anders met een p-waarde. ≪ 0,05
doi: 10.1371 /journal.pone.0116979.s002
(XLSX)
S3 Table. . Samenvatting van 45 differentieel tot expressie miRNAs bij maagkanker weefsels in vergelijking met de verre normale weefsels
Niveaus van miRNA meningsuiting in maagkanker weefsels ten opzichte van de verre normale weefsels waren minstens 1,5 maal anders met een p-waarde < 0,05.
doi: 10.1371 /journal.pone.0116979.s003
(XLSX)
S4 Table. Samenvatting van 105 differentieel tot expressie van genen in de TF-regulerende netwerk bij maagkanker weefsels
doi:. 10.1371 /journal.pone.0116979.s004
(docx)

Dankwoord

Wij danken de Medjaden Bioscience Limited (Hong Kong, China) voor het bewerken en proeflezen dit manuscript.

• PLoS ONE: Urine Niveaus van N-nitrosoverbindingen in relatie tot risico op maagkanker: bevindingen van de Shanghai Cohort Study
• PLoS ONE: chirurgische resultaten van 2041 opeenvolgende laparoscopische Gastrectomie Procedures voor maagkanker: een grootschalig patiënt-controleonderzoek