PLoS ONE: transkripcijos veiksniai ir MicroRNA-CO-reguliuojamų genų skrandžio vėžio invazijos ex vivo

Abstract

Aberrant Mirna išraiška neįprastai moduliuoja genų ekspresiją ląstelėse ir gali prisidėti prie tumorigenezei žmonėms. Šis tyrimas nustatė funkcionaliai atitinkamus skirtingai išreikštas genus naudojant transkripcijos veiksnius ir Mirna-ko-reguliuojamų tinklų analizę skrandžio vėžio. TF-Mirna bendro reguliavimo tinklas buvo apskaičiuota remiantis duomenimis, gautais iš kDNR microarray ir Mirna ekspresijos skrandžio vėžio audiniuose. Tinklo kartu su savo bendradarbiais reguliuojamų genų buvo analizuojami naudojant duomenų bazė Anotacija, vizualizacija ir integruotos Discovery (David) ir Transkripcinis reguliavimo elementų duomenų bazės (Tred). Mes nustatėme, aštuoniolika (17 iki reguliuojama ir 1 žemyn reguliuojama) diferencijuotai išreikštų genų, kurie buvo bendrai reglamentuoja transkripcijos veiksnių ir miRNAs. KEGG kelias analizė parodė, kad šie genai buvo dalis tarpląsteliniame receptorių sąveika ir židinio sukibimas signalizacijos būdus. Be to, qRT- PGR ir Vakarų dėmė duomenys parodė į COL1A1 ir sumažinti augimą NCAM1 mRNR ir baltymų kiekiai skrandžio vėžio audiniuose. Tokiu būdu, šie duomenys su sąlyga, kad duomenų, kad pirmosios parodo, kad pakitęs genas tinklas buvo susijęs su skrandžio vėžio invazijos. Daugiau tyrimas su didele imties dydžio ir daugiau funkcinių eksperimentus reikia patvirtinti šiuos duomenis ir prisidėti prie diagnostikos ir gydymo strategijas skrandžio vėžio

nurodomoji dalis:. Shi Y Wang J Xin Z Duan Z Wang G Li F (2015) transkripcijos veiksniai ir MicroRNA-CO-reguliuojamų genų skrandžio vėžio invazijos, ex vivo
. PLoS ONE 10 (4): e0122882. Doi: 10,1371 /journal.pone.0122882

Akademinė redaktorius: Jian-Birželio Zhao Dana-Farber vėžio institutas, JAV

Įstojo: Lapkričio 8, 2014 m Priėmė: Vasario 24, 2015 m Paskelbta: Balandžio 10, 2015

Visos teisės saugomos: © 2015 Shi et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Duomenų Prieinamumas: Visi susiję duomenys yra per popieriaus ir jo Pagalbinė informacija failus

finansavimas:. Šis darbas buvo remiamas subsidijomis Nacionalinis gamtos mokslo fondo Kinijos (̭20108025 ir̮72662). Jis taip pat iš dalies remiamą Nacionalinės Gamtos mokslo fondo Kinijos (Q.271.897 irQ.401.712), Jilin Pagrindinės laboratorijos biomedicinos medžiagos, pamatų Jilin Province Mokslo ir technologijų departamento (É30522013JH irÉ40414048GH) ir Normanas Bethune programa Jilin universitetas (.012.219)

konkuruojančių interesų:.. autoriai paskelbė, kad konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys yra viena iš labiausiai paplitusi forma piktybinių navikų pasaulis, taip prisidedant prie onkologinių mirčių trečdalis vyrų ir moterų penktadaliu [1]. Maždaug du trečdaliai skrandžio vėžio atvejų pasitaiko besivystančiose šalyse. Kinijoje, susijusių su skrandžio vėžio dažnis ir mirtingumas užima trečią vietą tarp kitų formų piktybinių navikų [2] ir buvo pranešta, kad skrandžio vėžys atsiranda dažniau kaimo vietovėse ir su jaunesniais žmonėmis turi poveikio jos pastaraisiais metais tendencijos [3 ]. Aplinkos (pvz Helicobacter pylori
infekcija arba vartojimas, rūkytas maistas) ir genetiniai veiksniai ( El cad
mutacija) padidina jautrumą skrandžio vėžio paskatinti pakitimus Onkogeny /navikas slopintuvas genų ir /arba epigenetinius aprašymą [4]. Pakeitimą, šių kritinių veiksnių sukelia nenormalus reguliavimo ląstelių augimą, apoptozės, ir diferenciacijos taip skatinant kancerogenezės. Keli genų reguliavimo tinklai koordinuoja normalios ląstelės transformacijos į naviko ląstelės ir vairuoti naviko progresavimą. Tačiau iki šiol dar turi būti apibrėžta išsami supratimą apie pagrindines kelių genų reguliavimo tinklus patogenezę skrandžio vėžio. Nustatant išsamų molekulinį mechaniškai tinklą, susietą su skrandžio vėžio išsivystymo ir progresavimo galėtų pagerinti kancerogenezėje skrandžio audinių supratimą, todėl grindinio kelią naujų ir efektyvių strategijų prevencijos, diagnostikos ir gydymo skrandžio vėžio.

genų ekspresiją ląstelių valdoma tiek transkripcijos ir po transkripcijos lygio. Transkripcijos veiksniai (TFS) koordinuoja genų transkripciją, o miRNAs reguliuoja genų ekspresiją tarpininkauti po transkripcijos renginius, tokius kaip iRNR skilimo ir baltymų vertimas [5]. Todėl, bet kokie Mirna funkcijos pakitimai gali sukelti vėžio vystymąsi žmogaus organizme [6,7]. Transkripcijos faktorius yra baltymai, kurie jungiasi prie konkrečių DNR sekų kontroliuoti transkripcijos genetinės informacijos perdavimo greitis iš DNR į mRNR [8,9], o miRNAs yra mažo nekoduojama RNR ląstelių ir funkcijos RNR yra nuslopinami ir kampo grupė -transcriptional reguliavimas genų ekspresiją [10,11]. TF-Mirna genų reguliavimo tinklas lemia bendrą genų ekspresijos profilio ląstelių tam tikru mastu. Todėl analizė TF-Mirna bendro reguliavimo tinklus skrandžio vėžio audiniuose gali padėti mums pagerinti mūsų supratimą apie tai, kaip TFS ir miRNAs koordinuoti genų ekspresijos reguliavimas prisideda prie skrandžio kancerogenezėje [12]. Mūsų ankstesniame tyrime, mes profiliuotas skirtingai išreikšta genų aštuoniasdešimt porų skrandžio karcinoma, greta įprastų audinių naudojant kDNR mikrogardelių [13] ir nustatė genų su pakitusiu išraiškos, įskaitant TFS skaičių. Remiantis informacija, gauta iš Transkripcinis reguliavimo elementų duomenų bazės (Tred) [14], mes sukūrėme ir įtvirtinome TF-genų reguliavimo tinklą. Šiame tyrime mes profiliuotas skirtingai išreiškiama miRNAs penkių porų skrandžio karcinoma, greta įprastų audinių ir sukonstravo Mirna-tikslinę reguliavimo tinklą skrandžio vėžio integruojant Mirna orientacijos genų duomenų bazių, įskaitant Targetscan, Miranda miRDB ir miRWalk [15] , Mes tada pastatytas TF-Mirna bendro reguliavimo tinklą, naudojant mūsų ankstesnius duomenis ir tada atliekami eiti ir KEGG kelią analizuoja ir atlieka realaus laiko PGR ir Vakarų dėmė analizę tvirtindamos šiuos duomenis. Taigi, abu metodus ir analizės gali suteikti svarbių užuominų būsimiems tyrimų Mirna ir TFS funkcijų skrandžio vėžio.

Medžiagos ir metodai

Audinių mėginiai

iš visų 25 skrandžio karcinomos pacientai buvo įdarbintas šio tyrimo iš pirmosios ligoninės Jilin universitetas, Changchun, Kinija. Skrandžio vėžio audiniuose ir derantį tolimi ne vėžiniai audiniai buvo chirurgiškai rezekcijos ir saugomi skysto azoto per 10 min po rezekcijos. Rašytiniai informuoti sutikimai gauti iš visų subjektų ir duomenys buvo anonimiškai analizuojami. TNM ir histologinis klasifikacija buvo pagal Pasaulio sveikatos organizacijos (PSO) kriterijus. Šis tyrimas patvirtino Etikos komiteto kolegijos būtinosios medicinos mokslų Jilin universitetas.

profiliavimo skirtingai išreikšta mRNR ir MicroRNA skrandžio vėžio audiniuose

skirtingai išreikšti iRNR duomenimis tarp skrandžio vėžio ir normaliuose audiniuose buvo atlikta 80 pacientams ir anksčiau [13] pranešė. Mes naudojome ≥ 2 kartus kaita profilis skirtingai išreikštas genus šiame tyrime.

Šiame tyrime skirtingai išreikšti miRNAs per 5 porų skrandžio vėžį greta įprastų audinių (žr pacientų duomenis S2 lentelėje) buvo profiliuotų naudojant Affymetrix Mirna microarray lustai pagal gamintojo protokolus. Trumpai tariant, RNR iš audinių mėginių buvo išskirtas naudojant Trizol (INVITROGEN, Carlsbad, CA, JAV) ir Mirna buvo išskiriamas ir gryninamas naudojant mirVana Mirna išskyrimas komplektas (Ambion, Ostinas, TX, Jungtinės Amerikos Valstijos), o tada atliekamas Genų Chip MicroRNA masyvo analizė. Duomenys buvo nuskaitomi naudojant GeneChip Scanner3000 su GeneChip operacinės sistemos programinė įranga (GCOS) ir analizuojami.

Statybos TF-geno, Mirna nukreipimą genų, o TF-Mirna bendro reguliavimo tinklai

Remiantis kad GeneChip žmogaus Exon 1,0 ST mikrogardeliq duomenys (Affymetrix, CA, JAV), mes pastatytas TF-genų tinklą integruojant genų ekspresijos profilius ir transkripcijos reguliavimo elementų duomenų bazę (Tred). buvo įsteigta reguliavimo sąveikos tarp MicroRNA ir jų tikslinių genų remiantis informacija, gauta iš Targetscan, Miranda miRDB ir miRWalk duomenų bazę. TF-Mirna bendro reguliavimo tinklai buvo pastatyti sutampančių šiuos du skyriai. Hub-genai, kad bendrai reglamentuoja TFS ir miRNAs taip pat buvo identifikuoti. Šie tinklai buvo pastatyti naudojant Cytoscape programinę įrangą (institutas Sistemų biologija, JAV, http://www.cytoscape.org).

Funkciniai anotacijos pasirinktų genų

Internetinis analitines priemones, kaip antai duomenų bazė Anotacija, vizualizacija ir integruotos Discovery "(David) ir Kioto Enciklopedija genų ir Genomes (KEGG) buvo taikomi ištirti funkcinį kelią, susijusį su skirtingai išreikštas genuose. Žymiai pagerinta KEGG kelius su P < 0,01 buvo identifikuoti ir analizuoti toliau.

Kiekybinė PGR (KRL-PGR)

aptikti iRNR lygį, mes naudojamas 5 mikrogramų RNR mėginius kiekvieno mėginio atvirkščiai transkribuoti į kDNR su Pirma dalis kDNR sintezės komplektas (Takara Dalian, Kinija) ir tada papildyta naudojant qPCR pareikšti COL1A1 ir NCAM1 iRNR su SYBR Pašaro Ex Taq (Takara) taikomosios Biosystems 7300 Greitas Realaus laiko PGR sistema pagal gamintojo nurodymus. Santykinis išraiška iRNR lygiui buvo standartizuoti beta-aktino iRNR pagal lyginamosios Ct metodu (2 ^{-ΔΔCt, ΔCt = Ct _{tikslas-CT β-aktino, ΔΔCt = ΔCt naviku ΔCt normalus). Visi gruntai buvo sukurta su Gruntas Premier 6 Software, gruntas sekų amplifikacija buvo išvardytos lentelėje 1. Duomenys iš KRL-PGR buvo analizuojami su GraphPad Prism Versija 5.0, skirtumai tarp grupių buvo statistiškai įvertintas pavyzdys vieno tailed Stjudento t-testas su p vertė. < 0,05 laikomas reikšmingu}}

Baltymai gavyba ir imunoblotingu

Audinių pavyzdžius su 1 mm ^{3 dydis buvo žemės skystame azote ir homogenizuotas į mobilųjį lizės buferiniame tirpale (Beyotime Pekinas, Kinija), esant 4 ° C temperatūroje 20 min. Baltymų koncentracija ėminiuose buvo nustatomi, naudojant BCA Baltymų Analizės rinkinys (Bio-Rad, Hercules, CA, USA) ir baltymų mėginiai buvo atskirti natrio dodecilsulfato-poliakrilamido gelio elektroforezės (SDS-PAGE), naudojant 10% gelio ir tada perkelti ant PVDF membranos (0,45 mkm; Bio-Rad, Hercules, CA, JAV) 2 val. tada Membranos buvo inkubuojamos su triušio anti-kolageno I antikūno (Novus Biologicals, Littleton, CO, JAV), esanti 1 praskiedimo: 1000, pelės anti-NCAM1 /CD56 antikūnas (Novus Biologicals) esant 1 praskiedimo: 400 , arba triušio prieš-β-aktino antikūnas (Proteintech, Čikaga IL, JAV), esanti 1 praskiedimo: 2000, esant 4 ° C temperatūroje per naktį, o vėliau po plovimo su tri-pagrįstą fiziologinio tirpalo-Tween 20 (TBST), membranos buvo inkubuojami su ožka prieš triušio IgG (Beyotime) ar ožką anti-pelės IgG (Proteintech) po 1 praskiedimo: 2000 2 val. Baltymų signalai buvo aptikti autoradiografiją, naudojant sustiprintą chemiliuminescencine reagentą (Beyotime, Pekinas, Kinija), po to poveikio į rentgenogramos. Baltymų juostos tankis buvo įvertintas naudojant gelio atvaizdas sistema (Tanon, Šanchajus, Kinija) ir buvo standartizuoti beta-aktino lygį, kuris buvo naudojamas kaip krovinio kontrolę.}

Statistinė analizė

LIMMA ( Linijiniai modeliai mikrogardeliq duomenimis), remiantis analize buvo atliktas siekiant nustatyti diferencijuotai išreikštas miRNAs su atjungimo vertės mažiausiai 2 kartus pokyčių (FC) su p < 0,05 ir FDR < 0,05. SPSS 21.0 programos (SPSS, Čikaga, IL, JAV) buvo naudojamas atlikti ROC kreivė (ROC) kreivė ir logistinė regresinė analizė. Jautrumo, konkretumo ir plotas po kreive (AUC) buvo apskaičiuotas naudojant "Med-Calc statistinę programinę įrangą ir p reikšmė < 0,05 buvo laikomas statistiškai reikšmingas. Imunoblotingo duomenys buvo analizuojami GraphPad Prism Versija 5.0 (San Diego, CA, JAV) ir skirtumo tarp naviko ir normaliuose audiniuose buvo įvertintas vieno tailed Stjudento t-testą ir p reikšmė < 0,05 buvo laikomas statistiškai reikšmingas.

Rezultatai

TF-genų reguliavimo tinklas ir diferencinė ekspresija miRNAs skrandžio vėžio

TF-genų reguliavimo tinklas, kaip parodyta 1 pav buvo apskaičiuota remiantis duomenimis, gautais iš ankstesnį tyrimą [13] dėl skirtingai išreikštas genų (≥ 2 kartus) iš 80 porų skrandžio vėžio audiniuose. Tiksliau, penkių transkripcijos veiksniai myb, MYBL2, ETV4, LEF1 ir TFAP2A buvo iki reguliuojama ir jie suformavo TF-genų reguliavimo tinklus 41 genų, iš kurių 38 buvo iki reguliuojamų ir 3 buvo žemyn reguliuojamų skrandžio vėžio audiniuose (S1 lentelė). Be to, mes profiliuoti Mirna išraišką naudojant Affymetrix MicroRNA masyvus penkių porų skrandžio vėžiu, atitinkantis normalių audinių (klinikos ypatybių pacientams, kaip parodyta S2 lentelė). Po 93 miRNAs iš viso buvo atskirtinai išreikštas skrandžio vėžio audinių (p < 0,05), iš kurių 27 miRNAs buvo iki reguliuojamų, kadangi 66 buvo žemyn reguliuojama (2 pav ir S3 lentelė). Tarp šių skirtingai išreikštas miRNAs, keletas buvo pranešta ankstesniais tyrimais, pavyzdžiui, miRlet-7, miR409, PPN-28-5p, PPN-625, ir tt [16-19]. Vėliau Targetscan, Miranda, miRDB ir miRWalk duomenų bazės buvo kasamas nuspėti tikslinės genus šių skirtingai išreikštas miRNAs.

TF-Mirna tinklas reguliuoti diferencijuotai, išreikštų genų skrandžio vėžio

grindžiama duomenų rinkiniai iš kDNR ir Mirna microarray kaip minėta anksčiau, mes pastatė netipiško TF-Mirna tinklą, kuris reglamentavo genų skrandžio vėžys (3 pav ir S4 lentelė) išraiška. Ypač šios neįprastų TF-Mirna tinklai reglamentuoja išraiška 18 genų ( COL1A1
COL1A2
COL5A2
COL11A1
DSG3
ACHE
SERPINE1
SERPINB2
CXCL5
MMP1
Plau
SPP1
GJB2
CLDN2
CDKN2A
CENPF
MAD2L1
, ir NCAM1
), kurių dauguma (17 iš 18) buvo iki reguliuojama skrandžio vėžio audiniuose (4 pav).

funkcinė analizė iš 18 stebulės genuose naudojant David (toliau duomenų bazė Anotacija, vizualizacija ir integruotos Discovery) [20] parodė, kad ten buvo du žymiai pagerinta KEGG keliai, ECM-receptorių sąveika kelias ir židinio sukibimas kelias. Penki genai ( COL1A1
COL1A2
COL5A2
COL11A1
, ir SPP1
) buvo svarbiausia pakeistos ir buvo visi dalyvauja ECM-receptorių sąveika ir židinio sukibimo kelio (2 lentelė). Analizė bendro reguliavimo tinkle parodė, kad šie 18 stebulės genuose turėjo skirtingą mazgas laipsnių pasiskirstymą, o COL1A1 parsisiųsti ir NCAM1
parodė aukščiausio lygio pasiskirstymą (5 pav).

asociacija, COL1A1 parsisiųsti ir NCAM1
išsireiškimai su klinikos statuso

Mes prielaidą, kad genai, kurių didesnę paskirstymo galėtų vaidinti svarbų vaidmenį reguliavimo tinklą. Tokiu būdu, mes susijęs išraiška šių genų su klinikos charakteristikų skrandžio vėžiu sergantiems pacientams. Imtuvas veikia savybę (ROC) kreivės analizė parodė, kad išraiška COL1A1 parsisiųsti ir NCAM1
galėtų būti potencialūs Diskriminuotojai tarp vėžio ir atitinkamų normaliuose audiniuose su AUC (plotas po kreive) = 0,806 ir COL1A1 parsisiųsti ir 0,677 už NCAM1
. Iš derinys COL1A1 parsisiųsti ir NCAM1
išraiška, jei geriau diferenciacijos būklę su AUC = 0.829, jautrumą = 70,7%, specifiškumas = 84,0%, nei atskirų COL1A1
arba NCAM1
išraiška (pav 6 ir 3 lentelė).

Be to, mes patvirtinti mikrogardeliq duomenis per KRL-PGR ir Vakarų dėmė kitose 20 porų skrandžio vėžio ir gretimuose normaliuose audiniuose (pacientų išvardyti S2 lentelėje pateikta informacija). COL1A1 ir NCAM1 iRNR raiška rodė 3.10 ± 1.08 Atlenkite reglamentavimas ir 0,37 ± 0,02 kartų žemyn reguliavimą navikų audiniuose vs normaliomis tie (p < 0,01), o Vakarų dėmė duomenys parodė aiškų skirtumą tarp santykinio baltymų tankio COL1A1 vėžiu audinių (0,92 ± 0,02), palyginti su gretimuose normaliuose audiniuose (0,29 ± 0,01; p < 0,01), o išraiška NCAM1 vėžiu audinių (0,11 ± 0,002), palyginti normalus tie (0,85 ± 0,05) (p < 0,01 , 7 pav). Taigi, up-reguliavimas COL1A1 ir žemyn reguliavimo NCAM1 išraiška galėtų ne tik atskirti vėžio ir normaliuose audiniuose, bet taip pat padalinti vėžiu sergantiems pacientams į skirtingas naviko etapais. Iš COL1A1 išraiškos lygis buvo didesnis raumenų ir serosa įsiveržė navikų, o NCAM1 išraiška linkę neigiamai susijęs su naviko invazijos (8 pav).

Diskusijos

dabartinės tyrimo duomenys iš kDNR ir Mirna Mikrogardelė buvo pastatyti transkripcijos veiksniai-Mirna bendro reguliavimo tinklą skrandžio vėžio ir nustatė 18 HUB genus, kurie buvo reguliuojami tiek transkripcijos veiksnių ir miRNAs. Šie genai priklauso tarpląsteliniame receptorių sąveika ir židinio sukibimo signalizacijos būdus. Be to, išraiška, COL1A1 parsisiųsti ir NCAM1
buvo patvirtinta skrandžio vėžio audiniuose ir buvo susijęs su skrandžio vėžio invazijos; Tačiau ji lieka nežinoma, kuri Mirna (-ai) reguliuoti jų raiška skrandžio vėžio.

transkripcijos veiksniai myb, MYBL2, ETV4, LEF1, TFAP2A buvo iki reguliuojama skrandžio vėžio audiniuose. Iš tiesų, myb šeimos baltymai yra plačiai paplitę eukariotinių organizmų ir expresison iš myb-transkripcijos faktorius yra labai svarbus naviko augimo ir pieno kancerogenezėje [21] [22], o MYBL2 (b-myb) yra onkogeninė transkripcijos faktorius dalyvauja ląstelės ciklo , G2 /M progresavimo [23]. Kaip onkogeniniam ETS
genų narys, ETV4 protien buvo pranešta skatinti vėžio metastazių pelių modelių [24] ir yra susijęs su blogos prognozės skrandžio adenokarcinoma [25]. TCF /LEF šeima yra nedidelis šeimos DNR surišantis veiksnių ir LEF1 veikia daugiausia kaip aktyvatorius su slopinama ląstelės apoptozės [26] vaidmuo. TFAP2A yra transkripcijos faktorius, kad daugiausia reguliuoja ląstelių augimą ir diferenciaciją. Be nosiaryklės karcinomą, TFAP2A reglamentuoja naviko ląstelių augimas ir išlikimas per HIF-1α sąlygojamą VEGF /PEDF signalizacijos keliu, tai rodo, kad TFAP2A gali būti potencialus biologinis už nosiaryklės karcinomą [27]. Be to, Mirna-TF bendro reguliavimo tinklą, mes nustatė 18 HUB genus, kurie buvo reguliuojami tiek TFS ir miRNAs. Funkcinė analizė iš 18 genų pabrėžė du svarbius KEGG kelius, tarpląsteliniame užpilde (ECM) receptorių sąveika kelią ir židinio sukibimas kelyje. Naujausi tyrimai parodė, kad ECM-receptorių (integrinams) tarpininkaujant signalizacijos yra pagrindinė grupė signalų prisideda prie ląstelių išlikimas ir teikia išgyvenimo pranašumą įvairių rūšių vėžio ląstelių [28]. ECM taip pat gali reguliuoti ląstelių proliferaciją, diferenciaciją, mirtį ir kancerogenezės [29]. Kaip struktūrinius ryšius tarp ECM ir aktino citoskeleto, židinio sąaugų tarnauja kaip svetainių signalo perdavime iš ECM į ląstelėje skyriuje [30]. Mūsų dabartiniai duomenys rodo, kad penki genai ( COL1A1
COL1A2
COL5A2
COL11A1
, ir SPP1
) bendrai reglamentuoja tiek TFS ir miRNAs dalyvavo ECM-receptorių sąveika ir židinio sukibimo kelius. Ankstesnis tyrimas parodė padidėjusią SPP1
(išskiriami fosfoproteinu 1) skrandžio vėžys ir jo asociacija su vėžio progresavimą [31]. Genai COL1A1
COL1A2
COL5A2
, ir COL11A1
priklauso kolageno baltymų šeimos, eteriniai struktūriniai komponentai ECM. Iki-reguliavimo kolagenų svarbu skatinti navikų augimą, kolageno catabolized matricos metaloproteinazių (MMP) atskleidžia paslėptas jungimosi vietų, kad ir toliau skatinti angiogenezėje ir naviko invaziją. Ankstesnis tyrimas parodė, kad išraiška COL1A1 ir COL1A2 buvo padidėjusi piktybinių storosios žarnos endotelio ląstelių [32], o tai rodo, kad šie du baltymai vaidina svarbų vaidmenį angiogenezę ir formavimas desmoplasia metu storosios žarnos vėžio išsivystymo [33]. Be to, išraiška, COL5A2 parsisiųsti ir COL11A1
buvo susijęs su storosios žarnos Kancerogeninis [34], rodantis, kad COL5A2
buvo bendrai išreikšti COL11A1
žarnos navikų mėginiuose, tačiau ne normalus gaubtinės žarnos epitelyje; Tačiau, ji lieka nežinomas kuris mirna (-ai) reguliuoti jų išraiška skrandžio vėžio. Gylis vėžio invazijos yra svarbus veiksnys išgyvenimo ir gydymo planavimui prognozavimas. Kolagenas yra vienas iš svarbiausių komponentų naviko mikroaplinkos, eksperimentiniai rezultatai atimančia hibridizacijos ir microarray nurodė kolageno genų, kurie buvo neįprastai išreikštų navikų audiniuose, pavyzdžiui, COL1A1 kodavimo 1 tipo kolageno [35] įvairovė. COL1A1
buvo nustatyta bendrauti su skrandžio vėžio invazijos ir metastazių [33]. Mūsų dabartiniai duomenys patvirtino, kad išraiška COL1A1 buvo žymiai padidėjęs skrandžio vėžio audiniuose ir yra susijęs su naviko progresavimo. Be to, mūsų dabartinis tyrimas taip pat parodė, kad išraiška NCAM1 baltymų buvo neigiamai susijęs su skrandžio vėžio invazijos. NCAM yra daugiafunkcinis membranos baltymo dalyvauja ląstelių diferenciacijos, migracijos, nervų sinapsės augimo ir specialius modelius synaptic jungtys. Ankstesnis tyrimas pranešė, kad NCAM1 išraiška buvo susijęs su invaziniu gliomos [36] augimas. Po įdėję sėjimo kultūros Transfekuoti Žvaigždėtasis glioma ląsteles į žiurkių smegenis, Edvardsen ir kt
., Pranešė, kad vėžinių ląstelių invazyvumas sumažėjo, rodo, kad NCAM1 išraiškos lygį buvo neigiamai susijęs su naviko invazijos [37]. Nors nuostoliai NCAM1 raiškos skrandžio vėžio nebuvo pranešta anksčiau, mūsų dabartinis duomenys apie atvirkštinis kartu su skrandžio vėžio invazijos yra suderinamas su ankstesniais tyrimais gliomose [37]. Tolesni tyrimai turi patvirtinti išraiška statusą COL1A1 ir NCAM1 baltymų, kaip potencialių biologinių žymenų ankstyvos diagnostikos ir prognozavimo skrandžio vėžio progresavimą.

Statyba TF-Mirna bendro reguliavimo tinklas yra naudinga priemonė identifikavimo Kritinio reguliatoriai ir jų tikslinės genų žmogaus vėžio. Tačiau, mūsų dabartinis tyrimas yra tik įrodymas iš principo pastangų ir būsimi tyrimai su didesniu imties dydis yra būtina patvirtinti esamas išvadas. Reikia po mechanistinių tyrimus siekiant toliau supratimą apie pagrindinių molekulių ir genų kelius vaidmenį skrandžio vėžio.

Pagalbinė informacija
S1 lentelę. Santrauka reguliavimo sąveikos TF-genų tinklą
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0122882.s001
(XLSX)
S2 lentelė. Pacientai charakteristikos (25 poros skrandžio vėžio ir gretimuose normaliuose audiniuose, dėl Mirna microarray (n = 5) ir Vakarų dėmė (n = 20) analizė ir RT qPCR (n = 20) analizė)
Doi:. 10,1371 /žurnalas .pone.0122882.s002
(DOC)
S3 lentelėje. . Santrauka 93 diferencijuotai išreikštų miRNAs skrandžio vėžio audiniuose vs tolimų normalių audinių
genų ekspresijos lygis skrandžio vėžio audiniuose vs tolimų normaliuose audiniuose buvo bent 2 kartus skiriasi su p-reikšmė. ≪ 0,05
doi: 10,1371 /journal.pone.0122882.s003
(xls)
S4 "lentelė. . Iš miRNAs ir jų reguliuojamų genų TF-genų reguliavimo tinklo sąveikos
Visi reguliavimą buvo kilęs iš transkripcijos reguliavimo elementų duomenų bazės (Tred)
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0122882.s004
(XLSX )

Padėka

Šis darbas buvo iš dalies remiamą dotacijas iš nacionalinio Gamtos mokslo fondo Kinijos (̭20108025 ir̮72662), Nacionalinis gamtos mokslo fondo Kinijos (Q.271.897 ir̮01712) , Jilin Pagrindiniai laboratorija biomedicinos medžiagos, fondas Jilin Province mokslo ir technologijų departamento (É30522013JH irÉ40414048GH) ir normanų Bethune programa Jilin universiteto (.012.219). Mes taip pat padėkoti Medjaden biologijos Limited (Honkongas, Kinija) redagavimui ir korektūra šį rankraštį.

• PLoS ONE: prognostinis reikšmė Matrix metaloproteinazės-7 skrandžio vėžys Survival: meta-Analysis
• PLoS ONE: NMe2 Sumažina dauginimosi, migracijos ir invazija skrandžio vėžio ląstelių apriboti Metastasis