Nei Plattform fir metagenomesch Analyse

Eng Equipe vun Entwéckler vu Skolkovo, ITMO Universitéit a MIPT presentéiert en Online Service mam Numm Knomics-Biota, wat erlaabt eng ëmfaassend Studie vun intestinalen Mikrobiom genetesch Donnéeën. Benotzt dëse Service, ee kann erausfannen, wéi eng Aarte vu Bakterien an Honnerte vun Darmmetagenome präsent sinn, hire relativen Undeel, an d'Quantitéit u Vitaminnen an aner nëtzlech Substanzen déi se produzéieren. Mat der Hëllef vun engem interaktiven Interface, Dir kënnt d'Resultater aus verschiddene Perspektiven kucken, wat hëlleft d'Relatioun tëscht Mikrobiota an Ernärung z'identifizéieren, Liewensstil a Gesondheet. D'Recherche gouf publizéiert am BioData Biergbau .

Metagenomesch Analyse ass zu enger ganz populärer Fuerschungsmethod a Beräicher wéi Biologie ginn, Medizin, a Liewensmëttelbiotechnologie. E Metagenome ass eng Sammlung vu genetescht Material vun alle Bakterien, déi an enger bestëmmter Kierperplaz liewen. Andeems Dir de Metagenome kuckt, Wëssenschaftler an Dokteren kënnen d'Zesummesetzung an d'Gläichgewiicht vun der intestinaler Mikroflora charakteriséieren a Conclusiounen zéien iwwer säi Bäitrag zur Gesondheet vu Kohorten. Ausserdeem, dës Method ka benotzt ginn fir erauszefannen wéi en Effekt e bestëmmt Medikament oder eng Aart Liewensmëttel op der Mikrobiota huet. Honnerte an Dausende vu Metagenome enthalen grouss Quantitéiten un nëtzlech Informatioun, déi net manuell analyséiert kënne ginn. Dofir, speziell Tools si gebraucht fir metagenomesch Donnéeën ze interpretéieren.

Fir dëse Problem ze léisen, eng Equipe vu russeschen Entwéckler vu Skolkovo, ITMO Universitéit a MIPT hunn eng analytesch Plattform erstallt, déi entwéckelt ass fir statistesch Daten z'ënnersichen an se als interaktive Diagrammer ze presentéieren. Et kann benotzt ginn fir ze bewäerten ob d'Mikrobiota vun enger Grupp vu Sujete genuch Vitaminne an aner Substanze produzéiere kann, déi wichteg si fir d'Gesondheet. Ausserdeem, d'Plattform Benotzer kënnen hir Donnéeën mat Dausende vun anere Proben vergläichen aus gesonde Bevëlkerung a Patienten mat Krankheeten. An dësem Fall, d'Analyse kann net nëmmen metagenomesch Daten selwer enthalen, awer och e puer verbonne Indikatoren wéi Geschlecht, Alter, d'Gravitéit vun der Krankheet oder klinesch Analyseresultater.

D'Analyse fänkt automatesch un nodeems d'Daten an d'Wollek eropgeluede ginn. Da kritt de Benotzer en Online Bericht mat de Resultater fir all Analysestuf:vun Datenqualitéitskontroll bis statistesch Hypothesen Testen. Dëse Bericht kann dann mat Kollegen gedeelt ginn, benotzt fir wëssenschaftlech Publikatiounen oder online gepost.

"Eis Entwécklung zielt fir akademesch Fuerscher an Experten aus Iessen ze hëllefen, pharmazeutesch an aner Industrien fir metagenomesch Donnéeën korrekt ze veraarbecht an z'interpretéieren. Benotzt d'akkumuléiert Datebank, Fuerscher kënnen hir Daten mat fréier verëffentlechte Informatioun vergläichen. Zum Beispill, wann Dir nei Daten iwwer d'Mikrobiota bei entzündlechen Darmkrankheeten hutt, dann an Knomics-Biota, Dir kënnt dës Donnéeën op d'Kaart vun de Patienten mat de selwechte Krankheeten aus der ganzer Welt setzen ", Kommentarer Alexander Tyakht, e Fuerscher op der ITMO Universitéit a Chief Technology Officer bei Knomics, eng Mikrobiome Fuerschung an Entwécklung Firma.

Am Verglach mat anere metagenomesche Dateanalysesystemer, Knomics-Biota huet verschidde Virdeeler. Zum Beispill, dëse Service ze benotzen, kann een eng vergläichend Analyse mat Arrays vun ëffentleche verfügbare Donnéeë maachen, agemaacht no thematesche Kontexter (Diät, Krankheeten, Populatiounen, etc.). Et ass och méiglech Inputdaten a verschiddene Formater ze verschaffen. A lescht awer net zulescht, d'Informatioun iwwer Datenanalysemethoden ass ëmmer an de leschte Berichter abegraff, sou kann den Workflow einfach a wëssenschaftleche Pabeieren beschriwwe ginn, wéi och a weider Studien reproduzéiert.

"Dank der Flexibilitéit vum System, Knomics-Biota kann op d'Analyse vun all Mikrobiota Typ ugewannt ginn, net nëmmen den Darm. D'Informatioun iwwer seng Kompositioun hëlleft, zum Beispill, fir mikrobiell Korrosioun vun Ausrüstung an der Uelegindustrie ze vermeiden. En anert wichtegt Feld ass déi metagenomesch Analyse vu Liewensmëttelprodukter, abegraff probiotesch. Esou Studie bidden eng innovativ Approche zur Qualitéitskontroll vun der Liewensmëttel- an Drogenproduktioun an, op laang Siicht, kann hëllefen Produktformuléierungen ze optimiséieren op Basis vun Metagenomik, "seet d'Daria Efimova, den éischten Auteur vum Artikel, en Entwéckler vun der Knomics Firma.

De System ass verfügbar fir Dokteren, Analysten, a Biologen ouni fortgeschratt Fäegkeeten an der Bioinformatik a Programméierung. Et ass geduecht fir d'Konversioun vun de metagenomesche Fuerschungsresultater a biomedizinesch wichteg Wëssen z'erliichteren an ze hëllefen international Kooperatiounen am Beräich vun der Mikrobiomanalyse z'entwéckelen.

• Studie bitt neit Verständnis vu Rotavirus Infektiounen bei Neigebueren
• ICUS applaudéiert d'Ukënnegung vun dramatesche Verännerunge vun der Bezuelung fir kontrastverstäerkt Ultraschall Imaging