RNA Sequencing bitt nei Abléck an de Mikrobiom

Fuerscher vun der University of Chicago sinn mat enger revolutionärer Strategie komm fir d'Aktivitéit vum Darmmikrobiom ze studéieren-mat High-Throughput Sequencing vun tRNA.

Alpha Tauri 3D Grafiken | Shutterstock

Andeems d'Wëssenschaftler hëllefen ze verstoen wéi tRNA dynamesch a Mikrobiome verännert, déi nei Sequenzéierungsstrategie gëtt vill besser Abléck wéi d'Mikrobiome fonnt an der Natur op Ëmweltverännerunge reagéiere wéi Temperaturvariatioun oder Ännerungen an der Nährstoffverfügbarkeet.

D'Aarbecht ass deen éischte vu ville Projete vun UChicago, finanzéiert vun der Keck Foundation, dee sech op Mikrobiome fokusséiert.

Mikrobiome sinn e Gebitt vun intensiver Fuerschung haut, wéinst hirer fundamentaler a breeder Roll bei der Gesondheet a Krankheeten.

D'Équipe, gefouert vun de Proffen Tao Pan an A. Murat Eren, nei Tools entwéckelt fir d'Transfer -RNA (tRNA) an de Maus -Darmmikrobiome ze studéieren. Déi aktuell Studie bericht wéi tRNA Sequencing op Proben aus dem Darmmikrobiom vu Mais applizéiert gouf, déi entweder op enger Fett oder Fett Diät waren.

Et huet nei entwéckelt Software a Berechnungsinstrumenter benotzt fir eng Bibliothéik vun tRNA Molekülle aus de Mausdarmproben ze generéieren.

D'Bakterien aus deenen dës tRNA Molekülle koumen goufen dann identifizéiert. Endlech, verschidde post-transkriptionell Ännerungen, déi an der tRNA stattfonnt hunn, goufen festgestallt a gemooss.

Den Dr Pan war verantwortlech fir d'Entwécklung vun den tRNA Sequencing Tools, wärend den Eren un de computational Plattforme geschafft huet, déi geduecht sinn dës Tools méi allgemeng verfügbar ze maachen.

tRNA Sequencing ass en wäertvollt Tool fir héich Volumen vun Daten op eng kosteneffektiv Manéier ze kréien, fir eng méi déif Erfuerschung vun der Aktivitéit vu Mikrobiome bei de Mënschen oder an hirer Ëmgéigend z'erméiglechen.

Bakteriell tRNA Moleküle si fein ofgestëmmt fir hir spezifesch Funktioun andeems se post-transkriptionell Modifikatioune aféieren, vun deenen et am Duerchschnëtt aacht pro tRNA Molekül sinn.

D'Tools, déi an dësem Projet benotzt ginn, si fäeg zwou Modifikatiounen an engem High-Throughput Sequencing an Analyse Workflow z'entdecken. Ausserdeem, et kann de Grad moossen an deem dës Ännerung op enger Skala vun 0 op 100 präsent ass op jiddereng vun de geännert Site.

Eng vun de Modifikatioune gëtt m1A genannt a gouf fonnt an den Darmmikrobiome vu Mais op enger Fett Diät erhéicht ze ginn. Dëst ass eng historesch Entdeckung, markéiert déi alleréischte Kéier datt sou Ännerungen um Niveau vun der Modifikatioun vun tRNA festgestallt kënne ginn, an iergendenger Mikrobiom.

D'Wëssenschaftler ginn zou datt se net wëssen wat d'Präsenz vun de m1A Modifikatioune tatsächlech fir de Mikrobiom bedeit. An engem Sënn, si verfollegen de biologesche Prozess no hannen fir d'Bedeitung vun esou Ännerungen z'entdecken.

Et ass bekannt datt m1A d'Synthese vun e puer Proteinen erméiglecht, déi heiansdo op méi héijen Niveauen am Darm vu Mais präsent sinn, déi mat enger fettarmer Diät gefiddert ginn. Wéi och ëmmer, et ass net kloer ob d'Ënnerscheeder am Niveau vun der m1A Modifikatioun festgestallt sinn Deel vun der Mausreaktioun op dës Diät, oder wann déi scho existent Ännerung nëmmen ageschalt war fir d'Proteinproduktioun ze erhéijen.

An de leschten zwanzeg Joer, vill Entwécklunge sinn a molekulare Technologie a Berechnung geschitt. Trotz dësem, d'Fuerscher kommentéieren datt dës Fortschrëtter eis nëmmen iwwerflächlech Wëssen iwwer mikrobiell Liewensprozesser bruecht hunn a wéi se mat hirem Ëmfeld interagéieren.

De Virdeel vun der neier tRNA Sequencing Technologie ass hir Fäegkeet fir eng séier wéi och eng relativ niddreg Käschte Method ze bidden fir z'erklären wéi d'Iwwersetzung am Kär funktionnéiert.

Dëst kéint potenziell vill méi Abléck ginn wéi d'Mikroben reagéieren no klengen Ännerungen an der Ëmwelt, besonnesch déi, déi schwéier mat traditionelle Methoden ze bewäerten sinn.

Zousätzlech, d'Benotzung vun dësen Tools bréngt méi Wëssen iwwer d'RNA Struktur a Funktioun, souwéi vun epigeneteschen Ännerungen am RNA, an de séier erweiderten Territoire vu Mikrobiomstudien.

D'Auteuren freeën sech op eng méi extensiv a séier Entwécklung vun der tRNA Sequencingstrategie déi se pionéiert hunn.

Et ginn eng Rei Weeër fir Mikrobiomaktivitéiten ze ënnersichen, awer näischt ass méi séier a kritt Iech méi Volumen vun Daten wéi Sequencing. Hei hu mir eng nei Method entwéckelt déi d'Aktivitéit vum Mikrobiom iwwer tRNA bericht an dat mat héijer Duerchgang mécht. Dat ass wierklech de Wäert. "

Professer Tao Pan, Lead Fuerscher

D'Etude gouf haut publizéiert am Natur Kommunikatioun .

• Nei Bakterienaarten hëllefe géint Adipositas a metabolesche Stéierungen ze bekämpfen
• Neien europäesch finanzéierte Projet zielt fir d'Mikrobiomfuerschung ze verbesseren