Fuerscher identifizéieren en einfachen Wee fir Sequenzenfehler ze eliminéieren, déi vum portable DNA Sequenzer produzéiert ginn

Fuerscher hunn en einfachen Wee fonnt fir bal all Sequenzenfehler ze eliminéieren, produzéiert vun engem wäit benotzten portable DNA Sequenzer, potenziell erlaabt Wëssenschaftler, déi ausserhalb vum Labo schaffen, fir Mikroorganismen wéi de SARS-CoV-2 Virus méi effizient ze studéieren an ze verfollegen.

Benotzt speziell molekulare Tags, d'Team konnt de Fënnef-bis-15 Prozent Feelerquote vum Oxford Nanopore Technologies 'MinION Apparat op manner wéi 0,005 Prozent reduzéieren-och wa se vill laang Strécke vun DNA gläichzäiteg sequenzéieren.

"De MinION huet d'Gebitt vun der Genomik revolutionéiert andeems d'DNA Sequencing aus de Grenze vu grousse Laboratoiren befreit ass, "seet de Ryan Ziels, en Assistent Professer fir Déifbau op der University of British Columbia an de Co-Lead Auteur vun der Studie, déi dës Woch verëffentlecht gouf am Natur Methoden . "Awer bis elo, Fuerscher konnten net op den Apparat a ville Astellunge vertrauen wéinst sengem zimlech héije out-of-the-box Feelerquote. "

Genom Sequenzen kënne vill iwwer en Organismus opdecken, inklusiv seng Identitéit, seng Virfueren, a seng Stäerkten a Schwächen. Wëssenschaftler benotzen dës Informatioun fir d'Mikroben besser an engem bestëmmten Ëmfeld ze verstoen, wéi och fir diagnostesch Tools a Behandlungen z'entwéckelen.

Awer ouni präzis portabel DNA Sequenzer, entscheedend genetesch Detailer kéinte verpasst ginn wann d'Fuerschung am Feld oder a méi klengen Laboratoiren ausgefouert gëtt.

Also Ziels a seng Mataarbechter vun der Aalborg Universitéit hunn en eenzegaartege Barcodéierungssystem erstallt deen laang gelies DNA Sequencing Plattforme wéi de MinION iwwer 1000 Mol méi präzis ka maachen.

Nodeems d'Zilmoleküle mat dëse Barcoden markéiert goufen, Fuerscher fuere weider wéi se normalerweis géife verstäerken, oder méi Kopie maachen, déi markéiert Moleküle mat der Standard PCR Technik a Sequenzéiere vun der resultéierender DNA.

D'Fuerscher kënnen dann d'Barcode benotzen fir einfach relevant DNA Fragmenter an de Sequencingdaten z'identifizéieren an ze gruppéieren, schlussendlech produzéiere bal perfekt Sequenzen aus Fragmenter déi bis zu 10 Mol méi laang si wéi konventionell Technologien kënne verschaffen. Méi laang Strécke vun DNA erlaben d'Detektioun vu souguer liicht genetesche Variatiounen an d'Assemblée vu Genome an héijer Opléisung.

"Eng schéin Saach iwwer dës Method ass datt se applicabel ass fir all Gen vun Interesse dat verstäerkt ka ginn, "seet Ziels, deem säin Team de Code a Protokoll fir d'Veraarbechtung vun de Sequencingdaten iwwer Open-Source Repositories verfügbar gemaach huet.

Dëst bedeit datt et ganz nëtzlech ka sinn an all Feld wou d'Kombinatioun vun héijer Genauegkeet a laanger Distanz genomescher Informatioun wäertvoll ass, wéi Kriibsfuerschung, Planzfuerschung, mënschlech Genetik a Mikrobiomwëssenschaft. "

Ryan Ziels, Studéiert Co-Lead Auteur an Assistent Professer fir Déifbau, Universitéit vu British Columbia

Den Ziels schafft de Moment mam Metro Vancouver zesummen fir eng erweidert Versioun vun der Methode z'entwéckelen, déi et erlaabt ze real-Zäit z'erkennen vu Mikroorganismen am Waasser an am Ofwaasser.

Mat engem korrekt Bild vun de Mikroorganismen, déi an hire Waassersystemer präsent sinn, seet Ziels, Gemeinschaften kënnen hir ëffentlech Gesondheetsstrategien a Behandlungstechnologien verbesseren-a besser d'Verbreedung vu schiedleche Mikroorganismen wéi SARS-CoV-2 kontrolléieren.

• De Cancer Microbiome Atlas gëtt e méi kloert Bild vun der Mikrobiota, déi an Organer lieft
• Fuerscher entdecken eng nei Approche fir intrahepatescht Cholangiokarzinom ze hemmen