Pozadina pregled
Sveobuhvatan Potraga za DNK metilira geni identificirani tumor kandidat supresorski geni koji su dokazali da se uključe u proces apoptoze p53 Metode metilacije profile 3 gena. PGP9 pregled. 5 pregled, NMDAR2B pregled i CCNA1 pregled, koji su uključeni u tumor supresora p53 u kombinaciji s p53 Rezultati p53 pregled gena mutacije su pronađeni u 44 primarnih gastričnih tumora (27%) i super-high metiliranje prema bilo kojem od 3 gene pronađen je u slučajevima s divljeg tipa p53 Zaključak U karcinoma želuca, p53 pregled relevantnih i ne-relevantne putevi postoje i tumore s obje vrste stazi izlagao jedinstvene kliničke značajke. Epigenetske tretmani mogu izazvati apoptozu djelomično kroz P53 pregled aktivacije, no njihove efekte apoptoze može se u velikoj mjeri objasniti mehanizam koji drugi način osim putem P53 Citation:. Waraya M, Yamashita K, Ema a, Katada N, Kikuchi s, Watanabe M (2015) Ekskluzivni Udruga p53 pregled Mutacija sa super-high metilacije gena za suzbijanje tumora u p53 Urednik: Qian Tao, Kineskog sveučilišta u Hong Kongu, Hong Kong pregled Primljeno: 31. ožujka 2015.; Prihvaćeno: 18. rujna 2015; Objavljeno: 8. listopada 2015 pregled Copyright: © 2015 Waraya et al. Ovo je otvoreno pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan pregled Podaci Dostupnost: sve relevantne podatke su u radu i njegove popratne podatke datoteka pregled Financiranje:. Ovaj rad je podržan djelomično darovnice-u potporama za istraživanje raka iz Ministarstva zdravstva, rada i socijalne skrbi Japana i japanske zaklade za multidisciplinarni liječenju raka. Agencije financiranja nije imao ulogu u dizajnu studije, prikupljanje podataka, ili analize; u interpretaciji rezultata; u pripremi rukopisa; ili u odluci da podnese rukopis za objavljivanje pregled suprotstavljenih interesa. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled Uvod pregled DNA metilacije igra središnju ulogu u. utišavanje gena tumorskih supresorskih gena humanog karcinoma. Metiliranje gen raka specifična je rijetka osoba, a često odstupanje od metilacije u osnovnim tumorskih tkiva je još rijetka [1, 2]. Identificirali smo raka specifične metilirani gena u svakom organu korištenjem farmakološko raskrinkavanje mikročipa (PUM) [1, 2] i modificirani PUM [3-5]. Identificirali smo mnogo tumor kandidat supresor gena (TSGs), kao što su PGP9 pregled. 5 pregled u glavi i karcinoma vrata pločastih stanica (HNSCC) [2], jednjaka SCC (ESCC) [6] , rak želuca [4], te ostale karcinome [7], NMDAR2B pregled u ESCC [3] i rak želuca [8], a CCNA1 pregled u HNSCC [2]. U metilacije profili ovih gena su potvrđene od strane drugih grupa i /ili čak u drugih vrsta raka [9-14]. Geni koji su pokazali da više od 60% metilacije u tumorskim tkivima su kao visoko relevantne metilnim gena (HRMGs) [15]. Osim toga, mi i dalje u odnosu na učestalost takvih abcrantnog metilacije HRMGs kandidata s drugim izvješćima raka želuca [16], i kandidati gena su svedene na određenim genima. Pregled Ono što je najvažnije, ovi tumor supresorski geni kandidat bio izvijestila da se u p53 pregled tumor supresor staze (slika 1). Na primjer, PGP9 pregled. 5 pregled izravno komunicira s p53 Netlogu i stabilizira P53 pregled inhibirajući njegovu degradaciju putem ubikvitiranja put u hepatocelularnog [17] , dojke [18] i nazofarinksa raka [19]. NMDAR2B pregled inducira apoptozu preko svog izravnom interakcijom sa DAPK pregled [20], koji se, pak, pokazano je da se suprotstavi transformaciju onkogcni izazvanog aktiviranjem p19ARF pregled / p53 u ovoj studiji ispitivali smo status DNA metilacije gena u p53 pregled put da se nenormalno regulirana u epigenetičku način u primarnoj želuca rak, au odnosu njihovu obrasca metilacije s p53 pregled mutacija kako bi se utvrdilo kliničko značenje p53 metode Cell linije i uzorci tkiva želučanog raka stanične linije, KatoIII, NUGC4, AZ521 i SH10 su nabavljeni iz Riken BioResource Center (Ibaraki, Japan). I hepatocelularni karcinom linije HepG2 je kupljen od American Type Culture Collection (Manassas, VA). Ove stanične linije osim AZ521 i HepG2 uzgajane su u RPMI 1640 medija (GIBCO, Carlsbad, CA) uz dodatak 10% fetalnog goveđeg seruma. AZ521 i HepG2 uzgajane su u DMEM mediju (Gibco), nadopunjenom s 10% FBS. Pregled parova (n = 163) u formalinom fiksiranih, u parafin uklopljenih (FFPE) tkivo tumora, a odgovarajući normalne sluznice uzoraka dobivenih u najmanje 5 cm od ruba tumora su dobiveni od bolesnika podvrgnutih operaciji između 1. siječnja 2000. i 31. prosinca 2010. godine svi pacijenti s stadiju II /III GC je kroz potencijalno ljekovito resekcija za primarnu GC, i podvrgnut adjuvantne s -1 kemoterapije nakon operacije (S-1 standardni tretman). Neo-adjuvantna terapija nije izvedena u ovih bolesnika skupini. Tumori su klasificirani na temelju klasifikacije TNM prema 7 th izdanju Udruge za međunarodnu kontrolu raka (UICC) i 14 th izdanju japanskog klasifikaciji karcinoma želuca (JCGC). Karakteristike pacijenata prikazani su u tablici 1. Svi uzorci tkiva su prikupljeni u Klinici Kitasato i pismeni informirani pristanak koji je dobiven od svih bolesnika i zdravih donora prije uzimanja uzorka. Ova studija je odobren od strane Etičkog povjerenstva Sveučilišta Kitasato. Pregled Analiza mutiranih P53 mutacija u eksona 5, 6., 7. i 8. p53 bisulfit tretman ekstrahira DNA genomske DNA iz FFPE tkivima i stanicama se ekstrahira pomoću QIAamp DNA FFPE tkiva kit (Qiagen Sciences, Maryland, MD), a QIAamp DNA Mini Kit (QIAGEN) prema protokolu proizvođača. Za DNA denaturiranje, 2 ug genomne DNA je inkubiran s 5 ug DNA sperme lososa u 0,3 mol /l NaOH 20 minuta na 50 ° C. DNA uzorak se zatim razrijedi s 500 ul otopine koja sadrži 2,5 mol /l natrijev metabisulfit (Sigma-Aldrich, Inc St. Louis, MO) /125 mmol /l hidrokinon (Sigma) /0,4 mol /l otopine natrijevog hidroksida, te se inkubira na 70 ° C tijekom 1,5 sata. Uzorak se zatim nanosi na kolonu (Wizard DNA čišćenje sustava, Promega Inc., Madison, WI), inkubira s 0,3 mol /l NaOH tijekom 10 minuta, a zatim obrađuje s 3 mol /l amonijev acetat 5 minuta. Uzorak se istaloži u 100% etanolu i DNA je resuspendirana u 50 ul Lote sadrži 10 uM Tris-HCl, pH 8 i 2.5 uM etilen diamin tetraoctena kiselina (EDTA), pH 8, te je nakon toga pojačan lanca polimeraze reakcija (PCR). Bisulfita tretman rezultira kemijskom modifikacijom nemetiliranih, ali ne i metilnim, citozini do uracile, dopuštajući razlike između metiliranog i unmethylated genomske DNA. Pregled Kvantitativno-metilacije specifičan PCR (Q-MSP) pregled Za kvantitativnu analizu metilacije, TaqMan metilacije specifičan PCR (Q-MSP) provodi se pomoću iQ ™ Multiplex Powermix (bio-Rad) u tri primjerka na iCycler iQ ™ real-time sustav PCR detekcije (bio-Rad). PCR uvjeti i sekvence su u S1 tablici. Serijska razrjeđenja bisulfita promjene CpGenome univerzalnog metiliranoj DNA (Chemicon International, Temecula, CA) korišteni su za konstrukciju kalibracijske krivulje na svakoj pločici kao pozitivna kontrola i metilacije CpGenome univerzalni nemetilirana DNA (Chemicon International), se koristi kao negativna kontrola. Vrijednost metilacije (TaqMeth vrijednost) definirana je kao omjer metilira PGP9 pregled. 5 pregled, NMDAR2B pregled, CCNA1 pregled ili DAPK pregled normalizira na mctiliranog p-aktin Netlogu, koji je tada bio pomnožen sa 100. pregled imunohistokemijska bojanja PGP9.5, NMDAR2B i CCNA1 Netlogu za imunološko, razotkrivanje antigen je izvedena s autoklav namače endogene peroksidaze je blokirana inkubacijom u 3% H 2O 2 /metanola kroz 5 minuta, a vezanje nespecifična antitijela je blokirana inkubacijom s 1% razrijeđenom normalnog konjskog seruma za 30 min. Uzorci su potom inkubirani na 4 ° C preko noći sa sljedećim antitijelima: zečje poliklonsko antitijelo PGP9.5 (razrijeđenje 1:. 200, Nonus Biogenesis), zečje poliklonsko antitijelo NMDAR2B (razrjeđenje 1: 100 u, Millipore) ili miša Ciklin A monoklonsko antitijelo (6E6, razrjeđenje 1:50, Leica Biosystems Newcastle. Ltd). Imuni kompleksi su detektirani s Vectastain Elite ABC opreme (Vector Laboratories, Inc. Burlingame, CA), u skladu s uputama proizvođača. Te imuni kompleksi su detektirani pomoću 3,3'-diaminobenzidinu supstrat (Vector) kao kromogen (PGP9.5 1.5 minuta, NMDAR2B 6 minuta, CCNA1 10 minuta). Sekcije su prebrojane s hematoksilinom. Pregled epigenetičku liječenje sa 5-aza-DC i TSA te kemoterapijski tretman s CDDP Stanice su podijeljene i posađene kod niske gustoće (1x10 6 /T-75 tikvici) 24 sata prije obrade. Stanice su zatim tretirane svakih 24 sata tijekom 4 dana s 1 ili 5 uM 5-aza 2'-deoksicitidin-(5-aza-dC, Sigma-Aldrich, St. Louis, MO) koji je otopljen u 50% octene kiseline, ili su lažno tretiran s PBS uključujući istu količinu octene kiseline. Kao što je prikazano, 100 nM trichostatinA (TSA, Sigma-Aldrich), i /ili 12,5 uM ds-diamindikloroplatinu (CDDP) (Nichi-Iko Pharmaceutical Co., Ltd., Japan), doda se tijekom 24 sata pregled Western blot analiza pregled Ukupni protein je ekstrahirana iz staničnih linija koje su epigenetically tretirane sa /bez kemoterapijskog liječenja, te je izložen Western blot analizom korištenjem slijedećih antitijela: miš anti-p53 monoklonsko protutijelo 1C12 (, razrjeđenje 1: 1000, Cell Signaling Technology, Inc.) ili anti-miš β-aktin IgG 2a monoklonalno antitijelo (razrjeđenje 1: 10000, Sigma-Aldrich) pregled p53 reporter ispitivanje stanice (2 x 10 4 stanica /96 jažica) koji su epigenetically tretirane sa /bez kemoterapijskog liječenja su transficirane s p53 pregled reporter vektor (QIAGEN) putem signala ™ reporter puta Kits ( QIAGEN) i reagens lipofektamin 2000 (Invitrogen). Nakon 24 sata inkubacije, reporter aktivnost je izmjerena uporabom Dual-Luciferase reporter System (Promega). Transfekcije su provedene u triplikatu i analizirani pomoću Softmax Pro (Molecular Devices, Sunnyvale, CA). Pregled Test apoptoze pregled Obrađene stanice (1 x 10 5 stanica /uzorak), su obojene s Aneksin V i 7-AAD (Guava neksin reagens, guava Technologies, Hayward, CA) za diskriminaciju ranih i kasnih apoptotičnih stanica, respektivno. Pokus je proveden pomoću Guava PCA sustav, izvodi se u tri primjerka i analizirani pomoću Cytosoft 2.1.5 softvera (Guava Technologies). Pregled Statistička analiza pregled Fisherov egzaktni test ili Mann-Whitney U test je korišten za kategoričke varijable, a Student je t pregled -test se koristi za kontinuirane varijable. Podaci su izraženi kao srednje vrijednosti ± standardna devijacija (SD). Kaplan-Meier postupak se koristi za procjenu kumulativnih stope preživljavanja, a razlike u postotku preživljavanja su ocijenjeni pomoću log-rank testa. Relapse preživljenja bez (RFS) i ukupno preživljenje (OS) mjereni su od datuma operacije do datuma recidiva i smrti, ili posljednjeg praćenja. S obzirom na RFS ili OS, pacijenti koji su preživjeli duže od 60 mjeseci (5 godina) su analizirane kao preživjelih. P < 0.05 je smatran ukazuju na statističku značajnost. Sve statističke analize provedene su sa SAS softverskih paketa (SAS Institute, Cary, NC). Pregled Rezultati pregled P53 pregled gena status i metilacije profili PGP9 p53 Imunohistokemijska analiza PGP9.5, NMDAR2N i izražavanja CCNA1 proteina u primarnim karcinomom želuca pregled imunohistokemijsku bojanje PGP9.5, NAMDR2B i izraz CCNA1 protein je provodi iu slučajevima sa super-visoke metilacije i onih s niskim metiliranje tih gena. Jaka smanjenje ekspresije PGP9.5, NMDAR2B i CCNA1 zabilježen u primarnim želučanom tkivu raka kada je promotor DNA metilacije je super-visok (Slika 3). S druge strane, ne pada u ekspresiji proteina PGP9.5, NMDAR2B ili CCNA1 pronađena prilikom promotor metilacije DNA bila je niska (slika 4). Pregled klinikopatološkim analiza primarnog karcinoma želuca s patološkim faza II /III raka sa standardnim tretmanom želuca pregled kliničkopatološka obilježja i prognoza (5-godišnje RFS i OS) su zatim analizirani u Univarijatnom način raka želuca s patološkim fazi II /III rak želuca sa standardnom terapijom (operacije plus poslije operacije S-1 primjene) (Tablica 1). podijelili smo pacijentima raka želuca u 3 kategorije na temelju P53 pregled statusa mutacije, kao i status DNA metilacije u PGP9 pregled. 5 pregled, NMDAR2B Zanimljivo je da je skupina bolesnika podijeljene s obzirom na GECs su značajno korelira s spolu (p = 0,0003), dob (p = 0,08), Lauren je histologija (p = 0,005) i infiltracije uzorak (p = 0,001), ali ne i prognostičkih čimbenika kao što su inscenacije faktora. Skupine pacijenata klasificirati na temelju GECs je također pokazala da p53 pregled mutanata i P53 Iako prognoze nisu bile značajno različite među skupinama razvrstanim prema GE (slika 2B ), sve više recidivi su pronađeni u p53 s druge strane, difuzni tip karcinoma želuca bila je znatno bolju prognozu od crijevnih vrste raka želuca u p53 pregled aberacija grupe (Slika 5a). Budući da se takvi pacijenti skloni da se distribuirati na višem stupnju, ovi podaci o preživljavanju predložio da S1 poslijeoperacijska adjuvantna kemoterapija je učinkovitiji za difuzni tip karcinoma želuca nego za crijevna tipa želučanog karcinoma u slučajevima s P53 pregled put aberacije (Sl 5B). pregled na kraju, kao referentni podaci (tablica 1), Univarijatnom prognostički analiza za RFS-a i OS svih pacijenata identificirati klinički značajan potencijal prognostički čimbenici predstavljaju slabu opstanak kao što su spol (p = 0,03, p = 0,1) , dobi ≥67 godina (P = 0,009, P = 0,001), gornji položaj tumora (P = 0,06, P = 0,1), 14 th JGCA /7 th UICC PT (P = 0,08, P = 0.4), 14 th JGCA PN (p = 0,001, p = 0,06), a 14 th JGCA /7 th UICC fazi (P. < 0,0001, P = 0,03) pregled epigenetičku p53 protein ekspresija izazvane liječenjem, sukladna p53 transkripcijske aktivnosti pregled epigenetičku tretman NUGC4 raka želuca staničnim linijama (divlji tip p53 pregled) sa 5 uM 5-aza-2' deoksicitidin ili 5 uM 5-aza 2'-deoksicitidin-plus trihostatin snažno induciranu apoptozu A u odsutnosti kemoterapijskim sredstvom CDDP. Dodatni tretman CDDP dalje znatno povećan te efekte apoptoze (Slika 6c). Zanimljivo, CDDP u kombinaciji s tretmanima epigenetičkim snažno povećava razinu proteina p53, koji je djelomično, ali ne i potpuno, reflektira p53 pregled transkripcijsku aktivnost reporterskog gena luciferaze (Slika 6A i 6B). Ovi nalazi sugeriraju da P53 pregled transkripciju aktivnost može se aktivira epigenetičkim tretmana, no to također sugerira da je apoptoza samo djelomično izazvana kroz P53 pregled put. Pregled Osim toga, epigenetskih liječenje KATOIII raka želuca staničnim linijama ( p53 pregled null), s 1 uM 5-aza-2'-deoksicitidina ili 1 uM 5-aza-2'-deoksicitidina plus trihostatin snažno induciranu apoptozu A u odsutnosti CDDP, ali dodatni tretman CDDP nije dalje značajno povećati efekte apoptoze (Slika 6c). CDDP u kombinaciji s tretmanima epigenetičkim ne povećavaju razinu proteina p53, što se očitovalo nedostatak p53 pregled transkripcijsku aktivnost luciferaze glasnički gen (Slika 6A i 6B). Ovi nalazi sugeriraju da P53 pregled transkripcija aktivnost nije potrebna za apoptoze epigenetičkim tretmane u KATOIII stanica ( P53 Rasprava pregled Ovaj trenutna studija je prvo izvješće koje se SHM za tumor supresorski geni u p53 potrebno je gotovo potpuna metilacija promotora DNA CpG otocima za potpunu utišavanja gena, pa čak i male proporcije nemetiliranih alela može snažno induciraju ekspresiju gena [ ,,,0],1-5]. U tumorskim tkivima primarnih, SHM moraju predstavljati gotovo potpunu metilacije na stanice raka, i SHM u tumorskim tkivima primarnih doista je povezano sa smanjenim ekspresije tih gena (Slika 4). Ovaj rezultat sugerira da SHM gena u P53 pregled put može biti funkcionalno ekvivalentan P53 pregled, funkcionalno aberacija koja se javlja kao posljedica P53 pregled mutacija, jer ove 3 molekule funkcija u istoj p53 u karcinoma želuca, p53 pregled aberacija skupina je statistički značajno povezana s jedinstvenim kliničkopatološkim fenotipova kao što Laurenov crijevne histologiju, muškog spola, stara dob, a manje inflitrativni rasta (Tablica 1). Naš trenutni zapažanja može biti povezano s prethodnim izvješćima koje je pokazao da P53 pregled mutacije u korelaciji sa ranom stadiju crijevna tipa karcinoma želuca, ili kasnom stadiju difuzni tip karcinoma želuca [26, 27], ili starije dobi [ ,,,0],28] međutim, naša kliničkopatološkim analiza uglavnom uključene srednjeg stadija raka želuca. Zanimljivo je put aberacija je jedinstven i kontinuirana iu povratnih bolesnika (tablica 2). Pregled Pozitivna prognostičku važnost P53 pregled mutacija kod raka želuca je sporno s obje pristašama [29] i otpadnika [30 ] tu mogućnost. Na prvi pogled naši podaci će se pojaviti za podršku potonju skupinu, međutim, treba uzeti u obzir da naši podaci opstanak je vjerojatno da su korigirane postoperativne adjuvantne kemoterapije (standardna terapija u Japanu). Budući da, za razliku od sadašnjeg istraživanja, difuzni tip karcinoma želuca je pokazao slabiju prognozu nego crijevni vrste raka želuca u našim bolnicama desetljeća [15, 31], najnoviji ažurirani podaci o preživljavanju podržavaju suprotne rezultate (tj crijevni vrsta raka želuca pokazuje lošije prognozu nego difuznog tipa raka želuca), koja je navodno zbog s-1 postoperativnih učinak adjuvansa [32]. Postoperativna pomoćno sredstvo S-1 kemoterapija je predloženo da se znatno učinkovitiji za peritonejsku bolesti nego za daleku organa metastaza [24], a to je vjerojatno da će biti učinkovitiji za difuzni tip rakom želuca nego za crijevna tipa karcinoma želuca [32] , Iz tih razloga, najnovija analiza preživljavanja pokazuje da je prognoza za difuzni tip karcinoma želuca je poboljšana tijekom koje crijevnog vrste raka želuca. Pregled Nije bilo statistički značajne razlike u stopi recidiva ili u jedinstvenom recidiva mjesta među p53 pregled aberacija grupa i p53 pregled, non-aberacija skupina, međutim, sve više recidivi su pronađeni u svakoj od recidiva mjesta u p53 pregled, ne-lom skupina u odnosu na p53 konačno ocijeniti Epigenetske učinke liječenja u kombinaciji s kemoterapijski agens kako bi se usporediti važnost p53 U zaključku, p53 pregled aberacija i ne-aberacija skupine pacijenata postoji kod raka želuca, p53 popratne podatke
puta , U ovoj studiji ispitivali smo P53 pregled mutacija u odnosu na takve epigenetičke promjene u primarni karcinom želuca
mutacije bile ispitati u 163 osnovnih želučanog karcinoma. Učinak epigenetičke povrata u kombinaciji s kemoterapijskih lijekova na apoptoze također je ocijenjena u skladu s tumorom P53 pregled mutacija. Pregled
. Viša P53 pregled put aberacija je pronađen u slučajevima s muškim spolom (p = 0,003), crijevnih tipa (p = 0,005), i ne uvlače tipa (p = 0,001). P53 pregled put aberacija grupa izložena manje ponavljanja u limfnim čvorovima, udaljenim organima i peritoneuma od P53 pregled, non-aberacije grupi. U želučanoj raka stanične linije NUGC4 ( p53 pregled divlji tip), epigenetičko liječenje pojačano apoptoze kemoterapijskim lijekovima, djelomično putem p53
transkripcijske aktivnosti. S druge strane, u raka stanične linije KATO III ( P53 pregled mutanta), epigenetičko liječenja sama izazvana robustan apoptozu, bez trans-aktivacije P53 pregled. Pregled
putevi pregled
Put u jedinstvenom Gastric Rak fenotipa. PLoS ONE 10 (10): e0139902. doi: 10,1371 /journal.pone.0139902 pregled
ovisni apoptotski kontrolnoj točki [21]. CCNA1 pregled je P53 pregled inducira gen koji posreduje apoptoza, G2 /M prijelazu i mitoze katastrofa u ljudskoj bubrega, jajnika, i stanica raka pluća [22]. Dakle, P53 pregled stazu ablacijom u tumorskim tkivima primarnih karcinoma u epigenetičke način zajedno s divljim tipom P53 pregled, međutim nije bilo izvješća u vezi povezanost P53
mutacija i Epigenetske promjene u osnovnim tumorskih tkiva. pregled
aberacija fenotipa. pregled
gena pomoću jednolančanih polimorfizam konformacija (SSCP)
gena su testirane od strane ne-radioaktivnog jednonitni konformacija polimorfizma (SSCP) analizu, koja je izvedena pomoću naše ranije uspostavljene metode [23]. PCR uzorci proizvoda od 10 ul razrijeđene su tri puta s gel-pufera za nanošenje (95% deionizirane formamid, 20 mmol /L EDTA, 0,01% bromfenol plavo i 0,01% ksilen cijanol) i zagrije na 95 ° C tijekom 10 minuta, nakon čega slijedi hlađenje na ledu. Alikvoti 3 ul su naneseni na modificirane poliakrilamidnim gelovima (PAFG: 18% poliakrilamid-bis (49: 1), 0,5 x TBE, 10% glicerol, 10% formamida, 0,05% amonijeva persulfata i 30 ml TEMED) dimenzija 120 mm x 150 mm x 0.35 mm. Elektroforeza je provedena s 1,5 x TBE puferu pri 500 V i 30 mA kroz 1 sat na sobnoj temperaturi. Vrpce su detektirane bojanjem gelova pomoću srebro mrlja plus opreme (Bio-Rad, Hercules, CA), nakon čega slijedi fiksacija, ispiranje, razvoj i zaustavljanje reakcije. Mutirani Detektirane s PCR-SSCP su očito pri 1:64 razrjeđenju mutiranih alela. Pregled
. 5 pregled, NMDAR2B pregled, CCNA1 pregled i DAPK pregled u pStage II-III želučanog karcinoma Netlogu
mutacije su identificirani u 44 od 163 osnovnih pacijenata oboljelih od raka želuca (27%) po SSPC analize. P53 pregled genske mutacije nisu imali prognostički značaj (Slika 2a). Zatim smo analizirali metilaciju profile PGP9 pregled. 5
, NMDAR2B
, CCNA1
i DAPK
u ovim tkivima pomoću Q-MSP. TaqMeth vrijednost svih gena bila je viša u primarnim tumorima raka želuca s divljim tipom P53 pregled nego u onih s mutiranim P53
(genske metilacije redom:. PGP9 pregled 5 izvoznici > NMDAR2B izvoznici > CCNA1 izvoznici > DAPK pregled) (Slika 3A i S1 i S2 smokve). Metilacija promotora DNA bila je značajno viša za CCNA1 pregled (p 0,0001) i PGP9 pregled 5 pregled (p = 0,03), a neznatno značajno viša za
. 5 Netlogu, NMDAR2B pregled i CCNA1 pregled je isključivo nalaze u primarnim tumorima bez p53 pregled mutacija, TaqMeth vrijednosti cut-off su 50, 163 i 133, odnosno (3A). Takva super-high metiliranje PGP9 pregled. 5 pregled, NMDAR2B pregled i CCNA1 pregled pronađen je u 14, 19 i 8 uzoraka, odnosno, i neki od uzoraka su preklapanja (Slika 3B). DAPK pregled nisu prikazali ovaj trend, jer je DAPK pregled razini metilacije je prilično visoka u odgovarajućim normalnoj sluznici tkiva znatan dio slučajeva (S2 sl). Pregled
i CCNA1 pregled, koji smo označen kao genomskih i epigenetičkim kategorije, odnosno (GEC). Ove tri kategorije su P53 pregled mutant, P53 pregled divljeg tipa sa super-high metilacije (SHM-om) od gore 3 P53 pregled puta sinteze gena ( P53
WT /SHM) i p53 pregled divljeg tipa, bez (w /o) SHM-om ( p53 pregled WT w /o SHM-om). pregled
WT /SHM skupine bile su slične u smislu broja pacijenata za svaki klinički karakteristika, ali razlikuju se u tom pogledu u odnosu na p53 pregled WT w /o SHM grupe. Dakle, nedavno označen bivše grupe ( P53 pregled mutant plus P53 pregled WT /SHM grupe) kao P53 pregled aberacija grupe, a potonji grupe ( p53 pregled WT w /o SHM-om) je označen kao p53 pregled bez aberacije.
aberacije skupine u odnosu na p53 pregled bez aberacije skupine (Tablica 1, ne postoji statistički značajna razlika). Ovaj trend je sačuvan u smislu ponavljajućim svaki od limfnih čvorova, peritoneum i udaljenim organima (Tablica 2), što ukazuje da je P53 pregled aberacija skupina vjerojatno pokazuju klinički jedinstveni fenotip čak i iz prognostički točke gledišta. Kad su analizirani samo u slučajevima s recidiva, P53 pregled aberacija skupina ponovno je značajno povezana s Laurenov histologiju (tablica 2, P = 0,01), međutim nije bilo uzoraka recidiva koji su jedinstveni za P53
aberacija. pregled
null stanice). Pregled
put naći isključivo u patološkoj fazi II /III rak želuca s divljim tipom p53 pregled (Slika 3). Odabrali smo pStage II /III pacijentima raka želuca sa standardnim tretmanima za analizu p53 pregled puta, jer multidisciplinarni tretmani u takvih bolesnika imaju najveći potencijal za postizanje prognostičku poboljšanje uz potpunu izlječivost [24, 25]. Ovo razmatranje treba biti prvi prioritet kada je s obzirom na daljnji razvoj novih terapeutskih strategija. Pregled
puta. pregled
aberacije grupi. Ovi rezultati bi se moglo zaključiti da je p53 pregled bez aberacije grupi ima agresivniji fenotip od P53
aberacije skupine kao cjeline. U našoj studiji, difuzni tip karcinoma želuca bila je znatno bolju prognozu od crijevnih vrste raka želuca u P53
aberacije grupi. Budući da se takvi pacijenti skloni da se distribuirati na višem stupnju, ovi podaci o preživljavanju predložio da S1 poslijeoperacijska adjuvantna kemoterapija je učinkovitiji za difuzni tip karcinoma želuca nego za crijevna tipa želučanog karcinoma u slučajevima s P53
putevima aberacije. Ovi rezultati su u skladu s prethodnim izvješćima koja mutant p53 pregled i /ili imunološko p53 proteina može biti prediktivni biomarkera za pozitivnim učincima visoke doze kemoterapije neoadjuvant u rakom želuca [30]. Pregled
put do epigenetičke put u želučanih stanica raka liječenih CDDP. Neočekivano, pokazalo se da je P53 pregled put je malo vjerojatno da će igrati vrlo važnu ulogu u indukciji apoptoze CDDP (Slika 6). Nedavno je pokazano da epigenetičko karcinogeneze stvarno je moguće. U ovom sustavu, sistemski iPS izazvana od reprogramiranja faktora rezultate u sistemskom pojave raka s dinamičnim epigenetičkim promjenama, a sistemska povraćaj tih reprogramiranje faktora vraća stanice raka u normalnim stanicama [33]. Rak želuca je vjerojatno da će gajiti manje mutacija gena vozač [34] od raka debelog crijeva [35], a, isto tako, osim P53 pregled gena su rijetke kod raka dojke [35], što upućuje da epigenetičke karcinogeneze mutacije je moguće glavni etiologija kroz kronične infekcije Helicobacter pylori [36-38]. Nedavno smo pokazali hiper-metilacije Reprimo pregled [39], što je opet gen u P53 pregled put, ali koji se nisu mogli biti uključeni u ovu studiju, i HOPX pregled [16] i CDO1 pregled [40] koji su oboje uključeni u apoptozi, ali navodno ne kroz p53
puta. Na temelju naših sadašnjih funkcionalne pokusima, P53 pregled put doprinos epigenetičkim učinaka liječenja je vjerojatno da će biti puno manje nego kod ostalih puteva (slika 5). Koristili smo i druge stanične linije (2 želučanog raka stanične linije i 1 hepatocelularnog stanične linije raka) kako bi se točno utvrditi doprinos P53
put do apoptoze potaknute CDDP u kombinaciji s epigenetičkim tretmana. Dodatni eksperimenti izvedeni su prikazani na S3 slici. AZ521 i HepG2 stanične linije su P53 pregled divljeg tipa, a SH10 stanična linija je P53 pregled mutant. p53 pregled aktivnost je otkrivena u p53
divljim tipom stanica, međutim, njegova aktivnost bila ovisna o svakoj staničnoj liniji. Dakle, p53 pregled aktivnost otkrivena je u NUGC4 stanicama s CDDP liječenja iu AZ521 i HepG2 stanica bez CDDP liječenja. Jaka apoptoze, što je procijenjeno pomoću Test apoptoze (3 kaspaze ili pokus neksin) nije nužno stupanj p53
transkripcijska aktivacija. U P53 pregled mutant (SH10) ili P53
null stanice, P53 pregled transkripcijska aktivnost nije bila izazvana na sve, međutim, apoptoza je utvrđeno da je slična onoj u p53 pregled divljim tipom stanica. Dakle, kod raka želuca, apoptoze osim P53 pregled puteve mogu biti relevantni za indukciju apoptoze od P53
puta. Pregled
putevi mogu biti nenormalna, kao rezultat epigenetičke modifikacije gena puteva, kao i zbog genomske mutacije. P53 pregled aberacija grupa može pokazivati jedinstvene kliničke značajke u usporedbi s p53 pregled bez aberacije grupi. Epigenetske kontrola P53 pregled put prolazi geni igraju manju ulogu u indukciji apoptoze kemoterapijski agens, i apoptozu u rak želuca, koje je potaknuto epigenetičke povrata može se u velikoj mjeri objasniti mehanizmom osim P53
put. Tako je P53 pregled put je malo vjerojatno da će igrati ključnu ulogu u apoptozi izazvane CDDP u kombinaciji s epigenetičkim tretmana. Međutim, P53 pregled put je izvijestila da igraju važnu ulogu u prirodnom želučane karcinogeneze [41-44]. Dakle, naše otkriće da je P53 pregled put gen metilacije se isključivo nalaze u rak želuca s P53 pregled statusa divljeg tipa može biti važan promatranja, a takve promjene u tumorskim tkivima može uzrokovati progresije tumora , To je iz tih razloga da P53 pregled put odstupanje može imati prediktivnu vrijednost kemoterapijskih efekata u raka želuca. Pregled
S1 Sl. Specifičnost metilacije PGP9
. 5 Netlogu, NMDAR2B pregled i CCNA1
u rak želuca.
(A) TaqMeth vrijednosti svakog gena u karcinomu želuca i u odgovarajućem normalne sluznice prikazani. (B) TaqMeth vrijednosti svakog gena klasificirani u skladu s statusa gena p53
od tumora se neće prikazati. Podaci su izraženi kao prosjek ± SD
doi:. 10,1371 /journal.pone.0139902.s001
(TIF)
S2 Sl.
Nezdravi crijevni mikrobiom smanjuje sinaptičko obrezivanje mozga,
Vodikov dah nije s atola Bikini
Jesu li dijete na temelju DNK i prilagođena medicinska hrana budućnost za mršavljenje?
Uobičajene gljivice na koži mogu uzrokovati upalnu bolest crijeva
Plućni mikrobi mogli bi pomoći u predviđanju ishoda kod teško bolesnih
Zemlje sa starijom populacijom imaju veće infekcije i smrtnost od SARS-CoV-2,
Povećanje rizika biološke obrane od sintetske biologije
Studija koju je naručilo američko Ministarstvo obrane otkrila je da postoji nekoliko alata za genetski inženjering koji bi se mogli koristiti za izradu biološkog oružja u kratkom vremenu. Opsežno iz
Ono što jedete može promijeniti način na koji antibiotici utječu na vaša crijeva
Novo istraživanje koje su proveli istraživači sa Sveučilišta Brown na Rhode Islandu otkrilo je da prehrana može utjecati na utjecaj liječenja antibioticima na crijevni mikrobiom. Znanstvenici su ispit
Biljna prehrana poboljšava zdravlje srca putem crijevnog mikrobioma
Nova studija objavljena u veljači 2020 Časopis American College of Cardiology izvještava da smanjeni unos hrane životinjskog podrijetla i prehrana temeljena na biljkama mogu rezultirati manjim rizik