PLOS ONE: polymorphisme de l'ADN méthyltransférase 3b et d'association avec le développement et le pronostic dans le cancer gastrique

Résumé

Objectif

ADN méthyltransférase 3b (DNMT3b) joue un rôle important dans la méthylation anormale lors de la tumorigenèse. Polymorphisme du DNMT3b
gène peut influencer l'activité de DNMT3b et être associée à un risque de cancer. Cette étude visait à étudier l'association entre les polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) de la DNMT3b
gène et de la sensibilité et le pronostic du cancer de l'estomac.

Méthodes

Quatre cent quarante sept cas histologiquement confirmés de cancer gastrique, 111 cas d'atrophie gastrique et 961 contrôles sans tumeur ont été enrôlés dans l'étude. Cinq marqueurs SNP (rs6119954, rs1569686, rs4911107, rs4911259 et rs8118663) du DNMT3b
gène ont été génotypés par dosage TaqMan. DNMT3b expression a été évaluée dans 104 tissus cancéreux par la méthode d'immunohistochimie.

Résultats

Le temps médian de suivi pour les 422 patients gastriques avec des informations de pronostic était de 55,1 (51,8 à 58,5) mois. Nous avons constaté que les individus avec la variante de rs1569686 génotype (TG /GG) étaient significativement associés à un mauvais pronostic dans le cancer gastrique par rapport à ceux portant le génotype TT (HR = 1,43, IC à 95%: 1,02 à 1,99). Cette tendance est plus évidente dans la survie à long terme du cancer gastrique. Des résultats similaires ont été observés pour les porteurs de l'allèle G de rs4911107 et T porteurs de l'allèle rs4911259 que ces deux sites étaient en déséquilibre de liaison avec rs1569686. Les porteurs de GG de rs8118663 avaient tendance à vivre plus courte que AA /AG génotype (HR = 2,72, IC à 95%: 1,45 à 5,12) chez les patients qui vivent plus longtemps que 2,0 ans. Aucun des cinq SNP a été associé à des risques de cancer de l'estomac ou de l'atrophie gastrique. Et aucune relation n'a été trouvée entre chacun des cinq SNP et DNMT3b expression.

Conclusions

Cette étude fournit la preuve que DNMT3b
polymorphismes peut prédire la survie à long terme du cancer gastrique . Toutefois, d'autres études sont nécessaires pour révéler les rôles biologiques sous-jacents de DNMT3b
polymorphisme

Citation:. Wang C, Jia Z, Cao D, Vous L, Jin M, Wu X, et al . (2015) polymorphisme de l'ADN méthyltransférase 3b et d'association avec le développement et le pronostic dans le cancer gastrique. PLoS ONE 10 (8): e0134059. doi: 10.1371 /journal.pone.0134059

Editeur: Valli De Re, Centro di Riferimento oncologique, Institut national du cancer IRCCS, ITALIE

Reçu le 16 Avril 2015; Accepté 3 Juillet 2015; Publié le 11 Août, 2015

Droit d'auteur: © 2015 Wang et al. Ceci est un article en accès libre distribué sous les termes de la licence Creative Commons Attribution, qui permet une utilisation sans restriction, la distribution et la reproduction sur tout support, pourvu que l'auteur et la source originelle sont crédités

Disponibilité des données: Toutes les données pertinentes sont dans le ses fichiers de renseignements à l'appui du papier et

financement:. Ce travail a été soutenu par la national science Foundation de Chine Natural (81.072.369, JJ), national Natural science Foundation de Chine (81.373.084, JJ), national Natural science Foundation de Chine (81273065, XYC), Norman Programme Bethune de l'Université de Jilin (2013025, JJ), la Fondation de la jeunesse du premier hôpital de l'Université de Jilin (JDYY42013014, ZFJ), la Fondation de la jeunesse du premier hôpital de l'Université de Jilin (JDYY42013018 , DHC), et le Programme de développement des sciences et de technologie de la province de Jilin (20150414014GH, JJ). Les bailleurs de fonds ont joué aucun rôle dans la conception de l'étude, la collecte et l'analyse des données, la décision de publier, ou de la préparation du manuscrit

Intérêts concurrents:.. Les auteurs ont déclaré aucun conflit d'intérêts existent

Introduction

le cancer gastrique (GC) est l'une des tumeurs malignes les plus courantes en Chine et il est la deuxième cause de cancer décès lié [1, 2]. Helicobacter pylori
( H
. pylori
) a été classé comme un groupe I cancérogène du cancer gastrique par le CIRC en 1994 [3]. H
. pylori
est également l'un des facteurs de risque pour l'atrophie gastrique (GA), qui est impliqué dans le développement du cancer gastrique [4, 5]. Bien que la moitié de la population mondiale a H
. infection pylori
, seule une faible proportion d'entre eux progresser à une gastrite atrophique chronique et le cancer gastrique. Ceux-ci suggèrent un rôle possible des facteurs génétiques de l'hôte en réponse à chronique H
. infection pylori
et le développement du cancer de l'estomac, par la suite [6].

méthylation de l'ADN est l'un des les modulations épigénétiques et est important dans la régulation de la transcription et de la structure de remodelage de la chromatine [7]. Aberrant méthylation de l'ADN pourrait entraîner une hypométhylation de l'ensemble du génome et hyperméthylation régional, qui est identifié comme un mécanisme possible d'inactivation des gènes suppresseurs de tumeur [8-10]. ADN méthyltransférase-3b (DNMT3b) est un de novo
méthyltransférase et est surexprimé dans une variété de tumeurs, comme le cancer du poumon [11], les cancers du sein [12], le carcinome hépatocellulaire [13] et un grand B- les lymphomes à cellules [14]. Nos travaux antérieurs ont montré que DNMT3b exprimé significativement plus élevé dans les tissus du cancer de l'estomac par rapport à celle des échantillons témoins appariés [15]. Et des niveaux plus élevés de DNMT3b ont été signalés à être impliqués dans des métastases ganglionnaires de cancer de l'ovaire [16] et la survie globale plus courte de la leucémie myéloïde aiguë [17]. Ceux-ci ont suggéré le rôle possible des DNMT3b dans le développement et la progression des tumeurs.

DNMT3b
localise dans le chromosome 20q11.2 avec une taille totale de 47kb. Il a été considéré que les polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) dans la région de promoteur de gène DNMT3b de peuvent modifier les niveaux d'expression des gènes [18]. Des études antérieures ont montré que les SNP de DNMT3b
étaient en corrélation avec la sensibilité de divers cancers, tels que le carcinome hépatocellulaire [19], le cancer du poumon [18], les cancers du nasopharynx [20], le cancer du sein [7] et gastrique le cancer [21], et Azad et al [22] ont démontré que DNMT3b
rs2424913 polymorphisme a été corrélée avec un risque de danger accru de la tête et du cou cancer. Ces SNP ont été révélés affecter l'activité du DNMT3b
de méthylation de l'ADN en modifiant le niveau de DNMT3b, modulant ainsi la susceptibilité au cancer [23, 24].

Cependant, pour autant que nous savoir, pas de papier était disponible sur le rôle de DNMT3b
polymorphisme dans le pronostic du cancer gastrique. Dans la présente étude, nous avons examiné l'association entre les polymorphismes de DNMT3b de gène et de la sensibilité du cancer gastrique, ainsi que l'atrophie gastrique, et les caractéristiques clinicopathologiques et la survie globale du cancer gastrique dans une population chinoise.

Matériel et méthodes

éthique déclaration

Cette étude a été approuvée par le Comité d'éthique du premier hôpital de l'Université de Jilin. Écrit consentement éclairé ont été obtenus à partir de tous les sujets avant de prendre part à cette recherche.

Les populations étudiées

cas de cancer gastrique nouvellement diagnostiqués subissant tumorectomie ont été invités à l'étude au Département de gastrique et colorectal chirurgie, premier hôpital de l'Université de Jilin (Changchun, Chine) au cours de 2008 à 2010. Un total de 447 cas avec histopathologique diagnostiqué un cancer gastrique ont été inclus et aucun des cas ont été reçu une chimiothérapie ou une radiothérapie avant la chirurgie. Les principales caractéristiques cliniques ont été recueillies à partir des dossiers médicaux ou par entretien téléphonique. Nous avons défini la chimiothérapie comme un traitement efficace pour au moins 3 cycles. Les patients ont reçu plusieurs chimiothérapies post-opératoires, y compris le régime FOLFOX-4 (association avec le 5-fluorouracile, la leucovorine et oxaliplatine); XELOX régime (capécitabine et oxaliplatine); d'autres chimiothérapies tels que la capécitabine ou le 5-fluorouracile seul. Au cours de la même période, le répondant fréquentant le centre de check-up santé sans antécédents de tumeur ont été invités au groupe de contrôle dans le même hôpital et 1072 personnes ont signé le consentement éclairé. Parmi eux, 150 sujets ont été trouvés à avoir une atrophie gastrique par le sérum examen pepsinogène et 111 ont été confirmés par biopsie et histopathologie et ont été inclus dans le groupe d'atrophie gastrique. Les sujets restants (961) ont été inclus dans le groupe de contrôle. Cinq millilitres de sang périphérique ont été recueillis à partir de tous les participants et stockés à -80 ° C jusqu'à l'extraction de l'ADN génomique.

cas de cancer gastrique ont été suivis par des appels téléphoniques trois mois, six mois et un an après la tumorectomie et tous les un an plus tard jusqu'à la mort ou la dernière prévue suivi. Les cas ne seraient pas inclus dans l'analyse de survie si (i) ils ont été perdus de vue lors de la première date de l'interview téléphonique, ou (ii) ils étaient morts de complications de l'opération chirurgicale dans la période périopératoire. Le temps de survie a été définie comme la durée de la date de l'opération chirurgicale à la date du décès si les patients étaient morts ou à la date de la dernière entrevue réussie si les patients ont été perdus de vue ou en vie jusqu'à la fin de l'étude . Le temps de survie a été censuré à droite, sauf que les patients étaient décédés du cancer gastrique.

Tests de H
. infection pylori
et le diagnostic de l'atrophie gastrique

Sérum immunoglobuline G (IgG) à H
. pylori
, pepsinogène I (PGI) et pepsinogène II (PGII) ont été évalués par immuno-enzymatique (ELISA) suivant les instructions du fabricant (Biohit, Finlande). Les personnes atteintes de PGI < 82,3 ng /ml et les rapports du PGI /PGII < 6,05 étaient positifs pour le dépistage de l'atrophie gastrique, puis validé par biopsie et histopathologie par gastroscopie [25]. Le coefficient interday de variation (CV) des échantillons de contrôle entre les kits étaient de 4,5%, 4,3% et 4,7% pour les H
. pylori
IgG, PG I et PG II, respectivement.

Tagging SNPs sélection

SNP couvrant la région de DNMT3b
ont été analysées en utilisant SNPbrowser Software v4.0 sur la base du Chinois Han population dans le projet HapMap (06-02-2009 HapMap). Quatre SNP marquage (tagSNPs, rs6119954, rs4911107, rs4911259 et rs8118663) ont été sélectionnés qui pourraient couvrir les 22 SNPs de DNMT3b
avec une fréquence minimale mineure de l'allèle (CRG) de 0,05 et une paire sage r
^{2 de 0,8 ou plus [26]. En outre, trois autres SNP, rs2424913, rs6087990 et rs1569686, étaient également destinés à être choisis comme les SNP candidats. Cependant, seulement rs1569686 ont été génotypés que rs2424913 avait trop bas MAF (0,012, les données de HapMap Project) et rs6087990 était dans un LD absolu ( D
'= 1 et r
2 = 1) avec rs4911107. Enfin, cinq SNP, rs6119954 (introns), rs1569686 (promoteur), rs4911107 (introns), rs4911259 (introns) et rs8118663 (région flanquante 3 ') ont été sélectionnés pour le génotypage.}

Génotypage

l'ADN génomique a été extrait de l'échantillon de sang total en utilisant des kits d'extraction d'ADN génomique de sang en suivant les instructions du fabricant (Axygen Biosciences, USA). Les génotypes de chaque SNP ont été déterminées en utilisant les tests de génotypage TaqMan suivant le protocole du fabricant dans les plaques 384 puits (Applied Biosystems, USA). Les séquences des amorces et des sondes sont disponibles sur demande. réactions en chaîne par polymérase (PCR) étaient les suivantes: 1 cycle de 95 ° C pendant 10 min, puis 40 cycles de 95 ° C pendant 15 s et 60 ° C pendant 1 min. Les procédés d'amplification ont été réalisées sur BIO-RAD S1000 thermocycleurs (Bio-Rad, Californie) et les produits finaux ont été lus sur un 7900 HT détecteur ABI PRISM séquence en utilisant le détecteur de séquence Software V2.3 (Applied Biosystems, USA). Deux témoins à blanc ont été inclus dans chaque essai de 384 puits facilitant le logiciel pour identifier les génotypes. Cinq pour cent des échantillons en double choisis au hasard ont été inclus dans chaque 384 puits des plaques de contrôle de qualité, et le taux global était concordant 99,91%.

immunohistochimie

expression DNMT3b a été évaluée dans le tissu tumoral de 104 patients atteints de cancer gastrique par la méthode d'immunohistochimie. Les sections de 4 pm d'épaisseur, à partir des blocs de tissus ont été excisés, déparaffinées et colorées en utilisant une technique d'immunoperoxydase streptavidine-biotine. En bref, les coupes de tissu ont été incubées pendant une nuit à 4 ° C avec un anticorps anti-humain polyclonal DNMT3b (1: 200 dilution, SC-20704, Santa Cruz, USA). Les signaux ont été visualisées avec 3, 3-Diaminobenzidine (DAB) et les lames ont été contre l'hématoxyline. En tant que contrôles négatifs, les lames ont été traitées avec les IgG d'isotype que le remplacement des anticorps primaires. Les lames colorées ont été évaluées par deux pathologistes indépendants, qui ont été aveuglés à partir des données cliniques. Le système HSCORE largement acceptée a été utilisé pour évaluer l'intensité et le pourcentage de cellules colorées avec une amplitude déterminée de l'intensité des taches. Le HSCORE a été calculé par l'équation suivante: = HSCORE ΣPi (i) (i = 0, 1, 2, 3, Pi = 0 à 100%). I est l'intensité de la coloration, i.e. aucune coloration = 0, une faible coloration = 1, une coloration modérée = 2 et une forte coloration = 3. Pi représente les pourcentages de cellules colorées avec des intensités variant de 0 à 100%. Le HSCORE va de 0 à 300.

L'analyse statistique

Les données continues telles que l'âge et HSCORE scores d'expression DNMT3b ont été résumés comme médiane (25 au 75e centile) et comparées par Mann-Whitney U essai ou test de Kruskal-Wallis. Les données catégoriques ont été décrites comme la fréquence et le pourcentage et comparées en utilisant χ <sup>2 essai ou test exact de Fisher, le cas échéant. Les fréquences des génotypes de chaque SNP ont été déterminées par comptage direct et de déviation de Hardy-Weinberg dans le groupe de contrôle a été évaluée par un χ Test de qualité d'ajustement 2. Le déséquilibre de liaison (LD) entre des paires de loci biallélique a été déterminée en utilisant deux mesures, D
'et r
2. analyse de régression logistique Inconditionnel a été utilisé pour calculer les odds ratios (OR) et les intervalles de confiance à 95% (IC), avec ajustement pour les facteurs confondants possibles (âge comme une variable d'échelle, le sexe comme une variable nominale et H
. pylori
anticorps comme une variable nominale). fonctions de survie des patients atteints de cancer gastrique au sein de chaque SNP ont été tracées par la méthode de Kaplan-Meier et comparées par le test du log-rank. Les ratios de risque (HR) avec IC à 95% ont été utilisés pour quantifier l'influence des génotypes de chaque SNP sur la survie globale et ont été calculées avec le modèle de régression de Cox. Pour haplotypes avec des fréquences > 1%, les risques sur la sensibilité et la mort risques ont été évalués en comparant la haplotype de référence (haplotype majeur dans le groupe témoin) à l'aide du modèle de régression logistique inconditionnelle et le modèle de régression de Cox, respectivement avec le logiciel THESIAS version 3.1 [27, 28]. Tous les tests statistiques étaient deux tailed et P
valeur < 0,05 a été considérée comme statistiquement significative. Sauf indication contraire, les analyses ci-dessus ont été effectuées dans le logiciel SAS 9.1.3 (SAS Institute Inc, USA).
de</sup>

Résultats caractéristiques Sujet

Un total de 1519 sujets, 447 cas de cancer gastrique, 111 cas d'atrophie gastrique et 961 contrôles sans tumeur ont été inclus dans cette étude. Les caractéristiques de tous les sujets sont résumés dans le tableau 1. Les facteurs démographiques, l'âge et le sexe, ne sont pas réparties uniformément dans les trois groupes que le groupe GC avait des sujets plus masculins et plus. Et 69,1% des cas de GC étaient positifs pour H
pylori
, significativement plus élevé que le groupe témoin (49,7%, P
< 0,001). Alors que non significativement plus faible que le groupe gastrique atrophie (75,7%, P
= 0,176). Comme ces facteurs peuvent confondre les effets des SNP, des comparaisons de distribution des génotypes ci-dessous ont été ajustés selon l'âge, le sexe et H
. infection pylori
. La plupart des cas de cancer gastrique de type intestinal avaient du cancer (87,3%) et 140 patients ont reçu une chimiothérapie postopératoire (31,3%).

Association des SNP avec le risque de cancer de l'estomac ou de l'atrophie gastrique

Quatre SNP loci , rs1569686, rs4911107, rs4911259 et rs8118663, étaient compatibles avec l'équilibre de Hardy-Weinberg dans le groupe témoin ( P
était 0,321, 0,341, 0,362 et 0,874, respectivement). Le locus rs6119954, cependant, a été trouvé à être dévié de lui ( P
= 0,0331). Néanmoins, ce lieu a été inclus dans l'analyse finale, puisque le taux des échantillons en double de rs6119954 de concordance a été de 100%. Les mesures de Pair-wise de déséquilibre de liaison ont été répertoriés dans le tableau S1. Trois loci, rs1569686, rs4911107 et rs4911259 ont montré un déséquilibre de liaison complète ( D
'> 0,98, r
^{2 > 0,96). Par conséquent, seuls rs1569686 ont été analysés représentant rs4911107 et rs4911259.}

En comparaison avec le génotype le plus commun de chaque SNP, aucune différence n'a été observée sur les distributions des trois loci entre le groupe de cancer gastrique et le groupe de contrôle après ajustement pour l'âge , le sexe et H
. pylori
infection (tableau 2). Aucun allèle ou haplotype a été associé à un risque de cancer gastrique. résultats négatifs similaires ont été obtenus sur le risque d'atrophie gastrique (tableau 2). En outre, aucune association n'a été observée entre les SNP ou haplotype et risque de H
. infection pylori
dans le groupe de contrôle (S3 Tableau).

Association des SNP avec des paramètres clinicopathologiques de cancer gastrique

distributions génotypiques de SNP ont été analysées en fonction des paramètres clinicopathologiques tels que la taille de la tumeur, le stade, le grade et les métastases à distance dans les cas de cancer gastrique. Les patients porteurs du génotype AA de rs6119954 avaient une fréquence plus élevée de métastases à distance (25,6% vs
. 9,1%, P
= 0,003). Et les patients portant le génotype AA de rs8118663 avaient plus proportion de la taille de la tumeur ≥5 cm ( 33,5% vs
. 23,3%, P = 0,040
) (S4 Tableau).

Association des SNP à la survie du cancer gastrique

l'information de suivi était disponible pour 435 (97,3%) patients atteints de cancer gastrique jusqu'en Février 2015. Treize patients sont décédés de complications postopératoires dans les 30 jours au début de l'étude et ces cas ont été exclus de l'analyse des effets de la SNP sur la survie. Enfin, les 422 cas ont été inclus dans l'analyse de survie. Au cours du suivi, 195 (46,2%) patients sont décédés d'un cancer gastrique, 14 (3,3%) cas sont morts d'autres causes, 203 patients (48,1%) vivaient et 10 (2,4%) patients ont été perdus de vue. Le temps de suivi médian était de 55,1 mois (allant de 1,1 à 79,2 mois) pour tous les cas inclus dans l'analyse de survie.

analyses de régression de Cox a été réalisée pour évaluer l'association de DNMT3b
génotypes sur la survie du cancer gastrique en utilisant le modèle dominant ou récessif. Nous avons constaté que rs1569686 TG /GG variante génotype a été associée à une augmentation statistiquement significative de 43% l'augmentation du risque de décès par rapport au génotype TT dans le modèle dominant. En outre, la tendance des effets sur la survie à long terme a pu être observé dans les parcelles de survie. Par conséquent, sous-groupe des analyses ont été effectuées chez les patients vivant plus de deux ans. Les patients portant G allèle (TG ou génotype GG) de 1569686 a été trouvé à vivre plus courtes que celles du génotype TT (HR = 2,46, IC à 95%: 1,29 à 4,69, P
= 0,006) après ajustement pour l'âge, le sexe, le stade TNM et chimiothérapie après tumorectomie (Fig 1A). Des résultats similaires ont été observés pour les porteurs de l'allèle G de rs4911107 et T porteurs de l'allèle rs4911259 dans la survie globale du cancer gastrique (tableau 3). Et ceux portant génotype GG de rs8118663 ont tendance à avoir plus court temps de survie que A porteurs de l'allèle (AA ou AG) après ajustement pour l'âge, le sexe, le stade TNM et la chimiothérapie après tumorectomie (HR = 2,72, IC à 95%: 1,45 à 5,12, P
= 0,002) (figure 1B).

Association entre les SNP et l'expression de DNMT3b

DNMT3b expression a été évaluée dans les tissus cancéreux de 104 cas de cancer gastrique en utilisant la méthode immunohistochimique. expression DNMT3b a été observée principalement dans le noyau cellulaire et les niveaux d'expression étaient élevés (HSCORE > 200) dans 64 cas (61,5%), modérée (100 < HSCORE≤200) dans 30 (28,8%), faible (HSCORE≤100) dans 2 (1,9%) et négative (HSCORE = 0) à 8 (7,7%). Résultats d'expression selon les génotypes des trois loci SNP ont été présentés dans le tableau 4. Cependant, aucune différence d'expression DNMT3b a pu être observée chez les génotypes de chaque SNP.

Discussion

Dans la présente étude , nous avons exploré systématiquement le rôle des variantes de DNMT3b de gène dans le développement et le pronostic du cancer gastrique dans une large population. Nous avons constaté que rs1569686 génotypes TG /GG étaient significativement associés à une faible survie du cancer gastrique. De plus, nous avons observé que DNMT3b
polymorphismes affectent la survie à long terme du cancer gastrique et l'effet était encore plus forte chez les patients vivant plus de deux ans.

La plupart des ouvrages publiés seulement se concentrer sur le rôle de DNMT3b
dans le carcinogensis de diverses tumeurs malignes. Pour autant que nous le savons, cela est le premier rapport décrivant l'association entre DNMT3b
polymorphisme et la survie de cancer gastrique dans une population chinoise. Notre étude a montré que DNMT3b
variantes ont contribué à la survie à long terme du cancer gastrique. Le DNMT3b
rs1569686 variantes TG ou GG porteurs du génotype ont montré une augmentation des ressources humaines avec un P
-value de 0,036 (HR = 1,43, 95Ci: 1,02 à 1,99) en comparaison avec le type sauvage TT. En outre, le roulement individuel G allèle rs1569686 (TG ou GG) ont 2,46 fois plus de risque de mortalité que G transporteurs non allèles chez les patients vivant plus de 2 ans (figure 1A), et les individus porteurs de rs8118663 génotype GG ont tendance à avoir un risque plus élevé dans la survie à long terme (figure 1B).

Nous avons en outre pour la première fois étudié l'association entre DNMT3b
polymorphismes et les caractéristiques cliniques des patients atteints de cancer gastrique. Les patients porteurs du génotype rs6119954 AA avaient plus la fréquence des métastases à distance, ce qui suggère que le polymorphisme rs6119954 peut être impliqué dans la progression du cancer gastrique. De même, les patients présentant le génotype rs8118663 AA avaient tendance à avoir la taille d'une tumeur plus grande (≥5cm), suggérant que rs8118663 SNP peut jouer un rôle dans la progression tumorale des patients atteints de GC. Pris ensemble, tous ces résultats ont montré la valeur prédictive de DNMT3b
polymorphismes pour la progression et le pronostic de survie chez les patients atteints de cancer gastrique.

Le DNMT3b
gène code DNMT3b, un membre de la famille de l'ADN méthyltransférase qui participe à un large éventail de processus biologiques, y compris le développement de la tumeur et la tumorigenèse [29]. Plusieurs études antérieures ont montré que les polymorphismes DNMT3b
sont associés au développement du cancer dans une variété de tumeurs. Shen et al [18] tout d'abord signalé que les porteurs des allèles T, en particulier hétérozygote (CT) de rs2424913, avait près de 2 fois plus de risque de risque de cancer du poumon par rapport à la CC homozygote génotype de la population de race blanche. En outre, cette variante génétique de C en T commune dans le promoteur DNMT3b a été trouvé pour augmenter en profondeur l'expression d'ARNm [30]. Toutefois, le rôle de rs2424913 sur le cancer en chinois pourrait être négligeable l'allèle C de la population chinoise est absent ou rare [20], l'importance d'une grande diversité dans DNMT3b
la distribution SNP peut être due à différents groupes ethniques , les facteurs environnementaux inconnus ou l'interaction entre les facteurs environnementaux et une prédisposition génétique. Le rs1569686 a été rapportée être associée à la susceptibilité d'un cancer du poumon [31] et le cancer gastrique [21], mais pas dans le carcinome hépatocellulaire [19], le cancer de l'œsophage [32] et le cancer du nasopharynx [20]. Dans une méta-analyse précédente sur la base de 24 études cas-témoins, le DNMT3b
rs1569686 allèle G a été identifié comme un facteur de risque faible de développer un cancer colorectal [33]. Le rs1569686 est situé dans la région pauvre de promoteur CpG. En essai de promoteur in vitro ont révélé que le polymorphisme rs1569686 n'a aucune incidence sur l'activité transcriptionnelle de la DNMT de promoteur [34], mais les mécanismes exacts sont en grande partie inconnus. Une étude réalisée par Lee et al [35] ont montré que la rs6087990 dans la région du promoteur DNMT3b
, qui est en LD avec rs1569686, peuvent modifier l'activité de promoteur DNMT3b
la transcription l'activité de l'allèle T a été significativement plus faible par rapport à l'allèle C, mais le polymorphisme rs1569686 n'a pas affecté l'activité de promoteur. Dans notre étude, cependant, on n'a pas observé de l'association de rs1569686 avec le développement du cancer de l'estomac ou l'atrophie gastrique, un important facteur de risque pour le cancer gastrique (tableau 2). En outre, on n'a pas observé de différences d'expression DNMT3b dans les génotypes de chaque SNP en utilisant la méthode d'immunohistochimie. Le mécanisme sous-jacent de DNMT3b
sur le cancer gastrique doit être clarifié dans les études futures. Un autre des sites, rs2424908, qui est en déséquilibre de liaison avec rs8118663 ( r
^{2 = 0,956), a également été trouvé pour être impliqué dans la tumeur, comme le cancer de l'œsophage [32] et le cancer colorectal [ ,,,0],34]. Cependant, dans notre étude, aucune association positive avec le cancer gastrique a pu être observée. Semblable à nos constatations, Yang et al ont rapporté que DNMT3b
rs2424908 polymorphismes ne sont pas associés à la susceptibilité au cancer gastrique dans la population chinoise du sud [36]. Par conséquent, d'autres études peuvent être nécessaires pour conclure le rôle du polymorphisme génétique de DNMT3b
dans le développement du cancer gastrique.}

Deux limitations devraient être reconnus dans notre étude. La première était que seuls les SNP avec un allèle minoritaire minimum de 0,10 ou plus ont été inclus en raison des critères de sélection. les variations à basse fréquence peuvent également en corrélation avec le développement du cancer tel que rs2424913 [22]. D'autres études portant sur les SNP à basse fréquence est nécessaire. L'autre est que le temps de suivi pour les cas de cancer gastrique semble insuffisant car la plupart des cas, sur le côté droit des parcelles de survie sont censurées. Influences de SNP sur la survie à long terme n'a pas pu être pleinement pris en compte si une tendance peut être observée. Toutefois, lorsque les cas sont stratifiés en sous-groupe vivant plus de deux ans, une association significative sur le pronostic à long terme a pu être observée. Néanmoins, le rôle de DNMT3b
sur le cancer gastrique seront réévalués et mis à jour à l'avenir que le suivi est toujours en cours.

Conclusions

En résumé, nous trouvons des polymorphismes de DNMT3b
peut affecter la survie globale du cancer gastrique, ce qui suggère le potentiel de DNMT3b
SNP comme un marqueur utile pour prédire la survie globale du cancer gastrique, en particulier chez les patients ayant survécu plus de deux ans. Cependant, on n'a pas observé d'associations significatives entre variantes et risque de cancer de l'estomac ou l'atrophie gastrique DNMT3b
. D'autres recherches sont nécessaires pour clarifier pleinement le rôle de la DNMT3b
sur le cancer gastrique chez différentes populations ethniques.

Informations complémentaires
Tableau S1. coefficients Linkage de déséquilibre ( D
') et r
2 entre DNMT3b
htSNPs
doi:. 10.1371 /journal.pone.0134059.s001
(DOCX)
S2 Table. Les données cliniques des patients atteints de cancer gastrique
doi: 10.1371. /journal.pone.0134059.s002
(DOCX)
S3 Tableau. Association des SNP et H
infection pylori
dans le groupe de contrôle
doi:.. 10.1371 /journal.pone.0134059.s003
(DOCX)
S4 Tableau . Distributions de génotypes selon des paramètres cliniques dans les cas de cancer gastrique
doi: 10.1371. /Journal.pone.0134059.s004
(DOCX)
S1 Données à l'appui. Les données cliniques et les fréquences de génotype des polymorphismes du gène DNMT3b dans les cas et les contrôles
doi: 10.1371 /. Journal.pone.0134059.s005
(XLS)

Remerciements

Les auteurs tient à remercier tous ceux qui ont participé à cette étude, en particulier à Ying chanson pour son travail sur le suivi des sujets et Chang-Song Guo pour son soutien technique.

• PLOS Computational Biology: Découverte de Synergies médicaments dans les cellules du cancer gastrique prédites par Logical Modeling
• PLOS ONE: PRR11 est un marqueur pronostique et potentiel oncogène chez les patients atteints gastrique Cancer