Kun henkilö ottaa antibiootin, se voi tuhota useita bakteerilajeja ja heittää tämän herkän tasapainon pois. Clostridioides difficile on yleinen taudinaiheuttaja, joka kolonisoi häiriintynyttä suoliston mikrobiotaa. Fekal microbiota transplantation (FMT), jossa terveen luovuttajan uloste siirretään vastaanottajan paksusuoleen, on onnistunut hoito toistuville C. difficile infektio (rCDI). Äskettäin julkaistussa tutkimuksessa tutkijat Brighamista ja naisten sairaalasta tutkivat, kuinka bakteerilajien dynamiikka voi vaikuttaa suu- ja sorkkataudin menestykseen rCDI:n hoidossa. Sisään Luonnonviestintä , Tiimi esittelee algoritmin henkilökohtaisten probioottikokteilien suunnitteluun potilaille, joilla on rCDI:n aiheuttama epäterveellinen suoliston mikrobiomi.
Probioottisen cocktailin suunnittelu on haastavaa. Kaikki cocktailin lajit ovat vuorovaikutuksessa monimutkaisessa verkossa. Kun tarkastelemme yhtä lajia, joka estää suoraan kasvua C. difficile , meidän on myös varmistettava, ettei se epäsuorasti edistä kasvua C. difficile vuorovaikutuksessa muiden cocktail -lajien kanssa. "
Yang-Yu Liu, PhD, Apulaisprofessori, Lääketieteen laitos, Brigham ja naisten sairaala
C. difficile tarttuu ulosteen ja suun kautta-huono hygienia tai ruoan tai veden saastuminen-ja sitä esiintyy kaikkialla maailmassa. Siitä huolimatta C. difficile ei tyypillisesti asuta tervettä paksusuolta, se voi kasvaa valvomatta suolistossa, joka on häiriintynyt antibioottien vuoksi. rCDI ei reagoi tavanomaisiin antibiooteihin ja voi siksi uusiutua potilailla, lisää riskiä joka kerta. FMT:n on osoitettu parantavan noin 80 prosenttia rCDI -tapauksista, jotka eivät vastanneet antibiooteihin.
Tutkijat aloittivat mallintamalla mikrobiyhteisön ja simuloimalla FMT -prosessia rCDI:n hoidossa. Seuraava, he arvioivat, kuinka tehokas FMT olisi palauttamaan vastaanottajan terve suoliston mikrobiota. Ryhmä analysoi sitten reaalimaailman tiedot hiirimallista ja ihmispotilaista mallinnuksen validoimiseksi.
Teoreettinen malli auttoi tiimiä ennustamaan, mitkä tekijät määrittävät FMT:n tehokkuuden. He oppivat, että suu- ja sorkkataudin tehokkuus vähenee, kun tartunnan saaneen ihmisen suoliston mikrobiomin lajien monimuotoisuus kasvaa. Tiimi kehitti myös optimointialgoritmin suunnitellakseen yksilöllisen probioottisen cocktailin auttamaan rCDI -potilaita. Algoritmi perustuu ekologiseen teoriaan, joka suunnittelee cocktailin, jossa on vähimmäismäärä bakteerilajeja, pitäen samalla mielessä lajin monimutkainen ekologinen verkosto. Personoidut probioottiset cocktailit sisältävät lajeja, jotka ovat tehokkaita estäjiä C. difficile ja sitä voidaan antaa rCDI -potilaille suoliston mikrobiston palauttamiseksi.
"Meillä on nyt ekologinen ymmärrys FMT:stä - miksi se toimii ja miksi se joskus epäonnistuu rCDI:ssä, "sanoi Liu." Voimme edetä ymmärtääksemme paremmin suu- ja sorkkataudin tehokkuutta ja sitä, miten voimme käyttää sitä muiden häiriöihin liittyvien sairauksien hoitoon, kuten IBD, autismi ja liikalihavuus. "